<div>Dear All, </div><div><br /></div>I am reporting the same issue as someone else has found on github: <div>https://github.com/cp2k/cp2k/issues/2704<br /></div><div><br /></div><div><i>'<span style="color: rgb(31, 35, 40); font-family: -apple-system, "system-ui", "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji";">In motion/integrator.F (line 1582 of the current master branch) there is a check to make sure the elements in the trajectory snapshots are consistent:</span></i></div><p dir="auto" style="box-sizing: border-box; margin-top: 0px; margin-bottom: 16px; color: rgb(31, 35, 40); font-family: -apple-system, "system-ui", "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji";"><i><br /></i></p><p dir="auto" style="box-sizing: border-box; margin-top: 0px; margin-bottom: 16px; color: rgb(31, 35, 40); font-family: -apple-system, "system-ui", "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji";"><i>IF (element_symbol /= element_symbol_ref0) THEN<br style="box-sizing: border-box;" />errmsg = "Atomic configuration from trajectory file does not match the reference configuration: Check atom "// &<br style="box-sizing: border-box;" />TRIM(ADJUSTL(cp_to_string(i)))//" of step "//TRIM(ADJUSTL(cp_to_string(trj_itimes)))<br style="box-sizing: border-box;" />CPABORT(errmsg)<br style="box-sizing: border-box;" />END IF</i></p><p dir="auto" style="box-sizing: border-box; margin-top: 0px; color: rgb(31, 35, 40); font-family: -apple-system, "system-ui", "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji"; margin-bottom: 0px;"><i>If kinds in the .xyz reference trajectory are specified with aliases (e.g. O1 ) the variable 'element_symbol' will be 'O1' while 'element_symbol_ref0' will have the value of 'O', thus failing the check. Currently this completely hinders the use of element aliases with ensemble REFTRAJ.'</i></p><p dir="auto" style="box-sizing: border-box; margin-top: 0px; color: rgb(31, 35, 40); font-family: -apple-system, "system-ui", "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji"; margin-bottom: 0px;"><br /></p><p dir="auto" style="box-sizing: border-box; margin-top: 0px; color: rgb(31, 35, 40); font-family: -apple-system, "system-ui", "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji"; margin-bottom: 0px;">The reftraj functionality with special kinds being applied to different species of every frame of a trajectory file for a QM calculation is key to my workflow, so any help working out how to get this working again would greatly appreciated!</p><p dir="auto" style="box-sizing: border-box; margin-top: 0px; color: rgb(31, 35, 40); font-family: -apple-system, "system-ui", "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji"; margin-bottom: 0px;"><br /></p><p dir="auto" style="box-sizing: border-box; margin-top: 0px; color: rgb(31, 35, 40); font-family: -apple-system, "system-ui", "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji"; margin-bottom: 0px;">I thought I had a quick fix by simply removing the check a recompiling, which seemed to be working, however, now I get spurious memeory errors - unsure if this is related to the code change or not.</p><p dir="auto" style="box-sizing: border-box; margin-top: 0px; color: rgb(31, 35, 40); font-family: -apple-system, "system-ui", "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji"; margin-bottom: 0px;"><br /></p><p dir="auto" style="box-sizing: border-box; margin-top: 0px; color: rgb(31, 35, 40); font-family: -apple-system, "system-ui", "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji"; margin-bottom: 0px;">Thank you for your time and help!</p><p dir="auto" style="box-sizing: border-box; margin-top: 0px; color: rgb(31, 35, 40); font-family: -apple-system, "system-ui", "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji"; margin-bottom: 0px;"><br /></p><p dir="auto" style="box-sizing: border-box; margin-top: 0px; color: rgb(31, 35, 40); font-family: -apple-system, "system-ui", "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji"; margin-bottom: 0px;">All the best,</p><p dir="auto" style="box-sizing: border-box; margin-top: 0px; color: rgb(31, 35, 40); font-family: -apple-system, "system-ui", "Segoe UI", "Noto Sans", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji"; margin-bottom: 0px;">Kit</p>

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