Dear all,<div><br /></div><div>I would need to assign the bands of an IR spectrum, obtained through AIMD simulation. </div><div><br /></div><div>I would like to perform a normal mode analysis (NMA) on the trajectory I have already produced to properly take into account solvation effects as well as the correct weight of the sampled conformers. </div><div><br /></div><div>I guess I could do so retracing the traj.xyz and using the vibrational analysis section in the input, but I would be very greatful if you could clarify a few issues about this strategy:<br /></div><div><br /></div><div>1) is it the most efficient and correct way to do NMA over a trajectory or do you suggest any other ways?</div><div><br /></div><div>2) how the output with eigenfrequencies and eigenvectors should look like? I can figure the typical output for NMA on single configurations, but I have no ideas of what should I expect for NMA on trajectories (I suppose that the hessian will be diagonalized at each step, but how these info will be put together at the end of the process? )</div><div><br /></div><div>I have read the original paper of CP2K and the pdf presentations available online, but I couldn't fix my problem.</div><div><br /></div><div>I am very willing to understand and learn from anyone who will help.</div><div><br /></div><div>Thank you very much in advance for your support.</div><div><br /></div><div>Best regards,</div><div>Emma Rossi</div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/6edca95f-7fb7-4a27-97cd-5868c9ae611en%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/6edca95f-7fb7-4a27-97cd-5868c9ae611en%40googlegroups.com</a>.<br />