<div>Dear cp2k experts,</div><div><br /></div><div>I'm trying to set up a simulation small box with 22 water and 7 Li+ and 7Br-.  I generated my initial configuration with Packmol and adjusted in VMD to avoid atom overlapping in periodic boundary condition (graph attached).  Seems there is some error when generating topology for Li which should be easy to generate since they are not bonded at all!  I defined KIND in SUBSYS section and tried to set their COVALENT_RADIUS to 0.  My input file is attached.</div><div><br /></div><div>The error message I got is as following</div><div><br /> GENERATE|  Preliminary Number of Bonds generated:                            44<br /><br /> GENERATE| WARNING in connectivity generation!<br /> GENERATE| Two molecules/residues named (Li) have different  number of atoms.<br /> GENERATE| Molecule starting at position (68) has Nr. <0> of atoms.<br /> GENERATE| while the other same molecules have Nr. <2> of atoms!<br /> GENERATE| Increasing bondparm_factor by 1.05.. An error was found in the generated<br /> GENERATE| connectivity. Retry...<br /> GENERATE| Present value of BONDPARM_FACTOR (   1.155000 ).<br /><br /><br /> GENERATE|  Preliminary Number of Bonds generated:                            44<br /><br /> GENERATE| WARNING in connectivity generation!<br /> GENERATE| Two molecules/residues named (Li) have different  number of atoms.<br /> GENERATE| Molecule starting at position (68) has Nr. <0> of atoms.<br /> GENERATE| while the other same molecules have Nr. <2> of atoms!<br /> GENERATE| Increasing bondparm_factor by 1.05.. An error was found in the generated<br /> GENERATE| connectivity. Retry...<br /> GENERATE| Present value of BONDPARM_FACTOR (   1.212750 ).<br /><br /></div><div><br /></div><div>I've also tried using input COORD_FILE_NAME and CONN_FILE_NAME with pdb and psf, respectively.  But it seems this approach didn't work either.  There was no output at all.  I also attache the pdb and psf files to this message.</div><div><br /></div><div>Please help me identify the problem.</div><div><br /></div><div>Thank you very much!</div><div><br /></div><div>Regards,</div><div><br /></div><div>Xianyuan</div><br /><img alt="Screenshot 2023-04-05 175210.png" width="439px" height="437px" src="cid:892c5731-b09f-4da4-ab72-2f5ad5a1b855" />

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/b4c7de6a-74f4-4412-a7c8-6abf40c3c55cn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/b4c7de6a-74f4-4412-a7c8-6abf40c3c55cn%40googlegroups.com</a>.<br />