I am trying to explore the potential energy surface in the reaction mechanism of an enzyme.<div><br /><div>I am able to scan based on different collective variables, but  I am having some problems.<br /></div><div><br /></div><div>For the reaction to happen, an O of a serine has to attack a C-O-P... almost simultaneously the H of the Serine (OH) is transferred to an O(-1) of a nearby glutamic acid.</div><div><br />When I look at the geometries, the metadynamics seem to sweep well until the H from the serine passes to glutamate. When this happens, the hydrogens of the CH2 groups begin to pass from one group to another, compensating for the negative charge generated, but never giving rise to the reaction.</div><div>This has to be much more energetic than the reaction itself.</div><div><br /></div><div>I know it's a very particular hard probability question, but can someone help me?</div><div><br />in this post you can see one of my input files<br /></div><div><br /></div><div>Thanks.</div><div><br /></div><div>Nacho</div></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/4a263801-ea9a-4e5f-a1c2-1cbc0d1338een%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/4a263801-ea9a-4e5f-a1c2-1cbc0d1338een%40googlegroups.com</a>.<br />