and files from the second reaction<br><br><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Monday, December 26, 2022 at 1:14:34 AM UTC+2 DMT wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hello,<div><br></div><div>I tried to use the Dimer method of optimizing TS and I get unphysical results.</div><div><br></div><div>I used this google group to find different input files and read about the struggles to overcome and used the provided input settings of successful runs.<br></div><div><br></div><div>In both cases (files attached include input, required .xyz and output .xyz from the optimization) Dimer drives the structures into having impossibly short bonds, until the SCF does not even want to converge (and it would be obviously impossible). It literally tries to merge some atoms in both cases. I use the &DIMER_VECTOR to input the XYZ displacements from a VIBRATIONAL_ANALYSIS job for the Reaction Coordinate that I am interested in, using the guessed near-TS geometries. Without the DIMER_VECTOR the method always chooses a wrong Reaction path. In both cases the TS geometry I start with is very simple to provide, in fact I have found both TS with other software, it is just very important for me to try simple systems in cp2k before I move to actual research.</div><div><br></div><div>One of the reactions is substitution in which the N LP from NH3 attacks the C of CH3Cl and pushes the Cl away to form a quaternary ammonium cation with the Cl- around. The other reaction is monomolecular - a keto-O taking a H from a nearby amino group into an alcohol-imin as a Product.</div><div><br></div><div>I have already tried higher values for EPS_DEFAULT (1.0E-13) and EPS_SCF (1.0E-7), and nothing changes.</div><div><br></div><div>I feel like the Dimer simply doesn't know where to stop with increasing the Energy. Perhaps the choice of DFT (PBE) and basis (DZVP-MOLOPT-GTH (a good basis)) is bad for the particular PES ?</div><div><br></div><div>I would like any advises at all. Do you have success using the Dimer method ? Can you provide input files from successful runs, other than the ones already in the group conversations ?</div><div><br></div><div>Best Regards,</div><div>Dobromir</div><div><br></div><div><br></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/d4152758-23cb-4726-9d60-75796cb69cb6n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/d4152758-23cb-4726-9d60-75796cb69cb6n%40googlegroups.com</a>.<br />