I get the same problem after changing ZERO LJ parameters to "0.3019 0.047" for water molecules, TYR and SER. <div><br><div>changeLJSingleType :TYR@HH 0.3019 0.047<br>changeLJSingleType :SER@HG 0.3019 0.047<br>changeLJSingleType :WAT@H1 0.3019 0.047<br>changeLJSingleType :WAT@H2 0.3019 0.047<br>change charge :41@N  -0.41427<br>change charge :41@H  0.27333<br>change charge :41@CA  0.02273<br>change charge :41@HA  0.11383<br>change charge :41@C  0.59873<br>change charge :41@O  -0.56647<br>change charge :145@N  -0.41427<br>change charge :145@H  0.27333<br>change charge :145@CA  -0.05667<br>change charge :145@HA  0.13743<br>change charge :145@C  0.59873<br>change charge :145@O  -0.56647<br></div></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Wednesday, 8 June 2022 at 17:32:23 UTC+8 wave...@gmail.com wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hi<div><br></div><div>I love Dries' comic-like molecules. Does anyone know what he used to do this?</div><div><br></div><div>Thanks</div><div>Sam<br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Wednesday, May 11, 2022 at 12:18:16 PM UTC+2 <a href data-email-masked rel="nofollow">qingh...@gmail.com</a> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Hello Dries, <br></div><div><br></div><div>Thanks for your tutorial! Could you please comment on changing ZERO LJ parameters to "<span>0.3019 0.047</span>"?</div><div>Have you done some tests on it? What's the effects of the modification on water itself? Thanks a lot!</div><div><br></div><div>All the best,</div><div>Qinghua<br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Tuesday, July 18, 2017 at 8:49:11 AM UTC+2 Dries Van Rompaey wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi cp2k-users,<div><br></div><div>After experimenting with cp2k for a while I have written down a short tutorial on how to use cp2k for biochemical systems. The tutorial covers the setup of an enzyme system with ambertools followed by equilibration with cp2k at the MM level, after which we move the system to QM/MM for metadynamics simulations of an enzymatic reaction. I am far from an expert myself, but I thought this might be useful to people starting out. If you spot any mistakes or something that could be improved, please let me know. The tutorial can be found at <a href="https://driesvr.github.io/Tutorials/" rel="nofollow" target="_blank" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en-GB&q=https://driesvr.github.io/Tutorials/&source=gmail&ust=1670640855154000&usg=AOvVaw1BdS0hFkpIENgJYpafrpZx">https://driesvr.github.io/Tutorials/</a> as well as on the main cp2k wiki: <a href="https://www.cp2k.org/howto:biochem_qmmm" rel="nofollow" target="_blank" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en-GB&q=https://www.cp2k.org/howto:biochem_qmmm&source=gmail&ust=1670640855154000&usg=AOvVaw2Ybw9azmBnF7_QelQvmfO0">https://www.cp2k.org/howto:biochem_qmmm</a>. </div><div><br></div><div>Kind regards</div><div><br></div><div>Dries</div><div><br></div><div><br></div></div></blockquote></div></blockquote></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/243e3ac8-e641-49a6-80f3-0494a53ad56cn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/243e3ac8-e641-49a6-80f3-0494a53ad56cn%40googlegroups.com</a>.<br />