Dear Cp2K users<div>I'm performing standard metadynamics simulations for my reaction system. I have attached 1.xyz files for you to look at. In the attached (1.xyz) file, a water molecule is moving away from the other molecule during the MetaD run. I'm running all calculations using the PERIODIC XYZ keyword for the unit cell in the input file.  The attached 2.xyz file is just a 1.xyz cell repeated in the x & y direction. In the 2.xyz file, a water molecule is clearly interacting with other molecule after repeating. So, are they still interacting through metadynamics, or are they far apart? I would need a hydrogen atom transfer between molecules for a complete reaction. Do periodic boundary conditions work during metadynamics?</div><div><br></div><div>Regards</div><div>Aditya</div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/85fd1800-b5f6-42d2-ba8a-cd7bcffb6b12n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/85fd1800-b5f6-42d2-ba8a-cd7bcffb6b12n%40googlegroups.com</a>.<br />