Hi,<div><br></div><div>I'm new to CP2K and trying to setup an AIMD simulation for 1 Mn2+ and 69 water molecules. The job runs on 144 cpus with 5GB/cpu memory.</div><div>I noticed that after hundreds of MD steps, the calculation time for each step increases from 4-8 s/step to tens of seconds. I even got 2453 seconds and 5114 seconds for two steps.</div><div>The 2453s long step took 2 SCF steps:</div><div>     1 OT DIIS     0.15E+00    1.7     0.00001472     -1292.4330648654 -1.29E+03<br>     2 OT DIIS     0.15E+00  667.8     0.00000884     -1292.4330876796 -2.28E-05<br></div><div>The 5114s long step took 3 SCF steps:</div><div>     1 OT DIIS     0.15E+00 2766.3     0.00002727     -1292.4373004578 -1.29E+03<br>     2 OT DIIS     0.15E+00  154.7     0.00001826     -1292.4373848508 -8.44E-05<br>     3 OT DIIS     0.15E+00    1.7     0.00000377     -1292.4374551945 -7.03E-05<br></div><div>I also remember that previous runs with 3 GB/cpu or less stopped with out-of-memory error after hundreds of steps.</div><div>I pasted my input file contents below. Any help is greatly appreciated. </div><div>Also, any suggestions on cutoff, basis and functional (as well as any other aspects) are greatly appreciated. </div><div><br></div><div>Best,</div><div>Zhuoran</div><div><br></div><div>&GLOBAL<br>  PROJECT mn_water_nvt<br>  RUN_TYPE MD<br>  PRINT_LEVEL MEDIUM<br>  FFTW_PLAN_TYPE EXHAUSTIVE<br>&END GLOBAL<br>&FORCE_EVAL<br>  METHOD Quickstep<br>  &SUBSYS<br>    &KIND Mn<br>      ELEMENT   Mn<br>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH<br>      POTENTIAL GTH-PBE-q15<br>    &END KIND<br>    &KIND H<br>      ELEMENT   H<br>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH<br>      POTENTIAL GTH-PBE-q1<br>    &END KIND<br>    &KIND O<br>      ELEMENT   O<br>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH<br>      POTENTIAL GTH-PBE-q6<br>    &END KIND<br>    &CELL<br>      SYMMETRY CUBIC<br>      ABC 12.777326 12.777326 12.777326 <br>    &END CELL<br>    &COORD<br>      @INCLUDE ../mn_water_aimd_init.xyz<br>    &END COORD<br>  &END SUBSYS<br>  &DFT<br>    BASIS_SET_FILE_NAME BASIS_MOLOPT<br>    POTENTIAL_FILE_NAME GTH_POTENTIALS<br>    CHARGE +2<br>    MULTIPLICITY 6<br>    UKS<br>    &QS<br>      EPS_DEFAULT 1.0E-12<br>      EPS_PGF_ORB 1.0E-07<br>    &END QS<br>    &MGRID<br>      NGRIDS 4<br>      CUTOFF 450<br>      REL_CUTOFF 60<br>    &END MGRID<br>    &XC<br>      &XC_FUNCTIONAL PBE<br>      &END XC_FUNCTIONAL<br>      &XC_GRID<br>        XC_DERIV NN10_SMOOTH<br>        XC_SMOOTH_RHO NN10<br>      &END XC_GRID<br>      &vdW_POTENTIAL<br>        DISPERSION_FUNCTIONAL PAIR_POTENTIAL<br>        &PAIR_POTENTIAL<br>          TYPE DFTD3<br>          PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat<br>          REFERENCE_FUNCTIONAL PBE<br>        &END PAIR_POTENTIAL<br>      &END vdW_POTENTIAL<br>    &END XC<br>    &SCF<br>      SCF_GUESS ATOMIC<br>      EPS_SCF 1.0E-5<br>      MAX_SCF 100<br>      &OT<br>        PRECONDITIONER FULL_ALL<br>        MINIMIZER DIIS<br>        ENERGY_GAP  0.001<br>      &END OT<br>      &OUTER_SCF<br>        MAX_SCF 50<br>        EPS_SCF 1.0E-5<br>      &END<br>      &PRINT<br>        &RESTART<br>           &EACH<br>             MD 1000<br>           &END EACH<br>        &END<br>      &END<br>    &END SCF<br>  &END DFT<br>  &PRINT<br>    &GRID_INFORMATION ON<br>    &END GRID_INFORMATION<br>  &END PRINT<br>&END FORCE_EVAL<br>&MOTION<br>  &MD<br>    ENSEMBLE NVT<br>    STEPS 10000<br>    TIMESTEP 0.5<br>    TEMPERATURE 300<br>    &THERMOSTAT<br>      TYPE NOSE<br>      REGION MASSIVE<br>      &NOSE<br>        LENGTH  6<br>        MTS     4<br>        TIMECON 10.00<br>        YOSHIDA 9<br>      &END NOSE<br>    &END THERMOSTAT<br>  &END MD<br>  &PRINT<br>    &RESTART<br>      BACKUP_COPIES 0<br>      &EACH<br>        MD 1000<br>      &END EACH<br>    &END RESTART<br>    &RESTART_HISTORY<br>      &EACH<br>        MD 0<br>      &END EACH<br>    &END RESTART_HISTORY<br>    &TRAJECTORY<br>      FORMAT XYZ<br>      &EACH<br>        MD 1<br>      &END EACH<br>      ADD_LAST NUMERIC<br>    &END TRAJECTORY<br>    &STRESS<br>      &EACH<br>        MD 1<br>      &END EACH<br>      ADD_LAST NUMERIC<br>    &END STRESS<br>  &END PRINT<br>&END MOTION<br>&EXT_RESTART<br>  RESTART_FILE_NAME mn_water_nvt.restart<br>&END<br></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/aff5ccfe-f185-4674-8e7a-3cf4c70878aen%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/aff5ccfe-f185-4674-8e7a-3cf4c70878aen%40googlegroups.com</a>.<br />