<div dir="ltr">Hi Mus,<div><br></div><div>Your problem is still the cell size... if you check your geometry, there are some water molecules far away, so your minimal and maximal values for X positions are: -33.33 and +35.37 A, for Y -42.09 and +35.00 and for Z -36.89 and +41.72.</div><div>So if you want to put all your system into the cell, you need a minimum box of 78.6 A in Z... also you need to add some vacuum space to get all the system into the box without problems.</div><div>Check that you are considering a box without periodic boundary conditions.</div><div><br></div><div>Regards - Lucas</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">El dom, 13 nov 2022 a las 19:11, captain mus (<<a href="mailto:captainmozak@gmail.com">captainmozak@gmail.com</a>>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><br>Dear CP2K Users and Developers<br><br><div>I want to perform a MD of a water molecules in a non periodic box (see input), however I got the error massage<b> "A non-periodic calculation has been requested but the system  exceeds the cell size in at least one of the non-periodic directions!" , </b>I have tried to increase the cell size but it does not give any effect, I also try to using the CENTER COORDINATES on the TOPOLOGY section to keep the water on the box but the result still the same. I am really appreciate for <b> </b>any advice, Thank you<br></div><div><br>My best<br>MuS<br></div><div><br></div>

<p></p>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br>
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/e9424195-93b8-4f36-adbc-b50d908dab07n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer" target="_blank">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/e9424195-93b8-4f36-adbc-b50d908dab07n%40googlegroups.com</a>.<br>
</blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/CAOFT4PJ0M1jvd5XMMuTcTB1Di2vrfVTdA%3D1%2B7GCaMP_T2oVn1A%40mail.gmail.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/CAOFT4PJ0M1jvd5XMMuTcTB1Di2vrfVTdA%3D1%2B7GCaMP_T2oVn1A%40mail.gmail.com</a>.<br />