Hi Matt <br><br>Thank you for your response, I will try it. btw I actually follow the instruction from your youtube channel. thank you for making a great video.<br><br>Best Regards<br>MuS<br><br><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Tuesday, November 1, 2022 at 9:39:36 PM UTC+7 mattwa...@gmail.com wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">1) not that I am aware of. You can specify molecules and wrap them together somehow in VMD I seem to remember.<div>2) you need to make sure your molecules are connected in the non-periodic direction. You can use</div><div>&TOPOLOGY</div><div>      CENTER_COORDINATES</div><div>to center the atoms in the cell. If the molecules are connected together then that should work once the cell is large enough.</div><div>Matt<br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Sunday, 30 October 2022 at 08:11:09 UTC <a href data-email-masked rel="nofollow">captai...@gmail.com</a> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><br><div>Dear CP2K users and developer</div><div> I'm new in CP2K and my question are: <br>1) Is there any way to print out the xyz file with the molecules ordered inside the box because every time I run, it always print out in an unordered way and to make it ordered I have to wrap it via VMD (see input-1). <br><br>2) I want to perform a non-periodic in Z direction, My first attempt is to increase the unit cell (MULTIPLE_UNIT_CELL) by 2 or 3, but again as I mention in the first question the output is unordered and when I use wrap (VMD) it simply wrap it based on the value I seed for the pbc set. My second attempt is to make only periodic in XY via POISSON and  CELL (see input -2)  but I got an error stated that "<b> A non-periodic calculation has been requested but the system size exceeds the cell size in at least one of the non-periodic directions!</b>" any advice ?<br><br>Thank you very much for your answer<br>Kind regars<br>MUS<br></div></blockquote></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/3cb8bb22-96f9-457a-9474-3a83b7e46028n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/3cb8bb22-96f9-457a-9474-3a83b7e46028n%40googlegroups.com</a>.<br />