Hello,<div>sorry I don't know the metadynamics code well.</div><div>Maybe if you explain very clearly what you want to achieve and include your input / output you can get more assistance.</div><div>Matt<br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Thursday, 6 October 2022 at 14:41:14 UTC+1 goyal.a...@gmail.com wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Dear All,<div><br></div><div>I am performing metadynamics simulation on my system having 2 molecules to perform a reaction with coordination numbers as 2 collective variables. Unfortunately, a molecule is moving far apart from the other molecule (fixed) during simulation. So, I wanted to apply a boundary to restrict the motion of moving molecule within a certain distance (d) from the fixed molecule,  to maintain enough interactions to perform this reaction. I've seen some answers suggesting restraining the distance using a collective variable but that would fix the moving molecule to distance 'd '  in space and restrict its motion for distances ≤ d .  Ideally, the moving molecule should stay within distance : (0 to d ) for a good metadynamics run. Any suggestions would be appreciated.  </div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Aditya</div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/b1858a94-1af7-435c-90ab-86362196a841n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/b1858a94-1af7-435c-90ab-86362196a841n%40googlegroups.com</a>.<br />