Dear developers,<div><br></div><div>I'm a rookie to cp2k and computational chemistry. I have some questions about QMMM input and the manul of cp2k are not clear for me. I'd really appreciate it if you have any advise or comments on my long list of quesitons, LOL~ </div><div><br></div><div>I'm about to running a QMMM calculation for a cluster+H2O system. The H2O are explicit solvent molecules in the systems and I'd like to deal with them by MM except for five of them which I'd like to deal by adaptive model (adaptive buffer).  I have several quesitons refers to the input of the systems.</div><div><br></div><div>1. In the section FORCE_EVAL/MM/FORCEFIELD,  what kind of forcefield parm file should I provide. The file for only MM atoms(H2O), or the whole systems(in my case, cluster+H2O).</div><div><br></div><div>2. I found some examples in /tests/, for example the tests/QMMM/QS/regtest-3/sio2-qmm-gauss-1.inp, did not applied any parm.files. Does the section &NONBONDED and &BONDED working as the same with parm.files?  And so for the system contains hunderds of molecule, which is a more complex situation of bonded and nonbonded parameters, we provide a parm .files for cp2k to read, am I understand it in the right way?</div><div><br></div><div>3. For the section of QMMM/QM_KIND,  we need to identify the MM_INDEX for the molecules we want to deal with QM. Does it means the working flow of cp2k is that define the whole system as MM first, and then pick the molecules out of MM and deal with QM.  </div><div><br></div><div>4. For the ADAPTIVE defination part.  Does the following three different ways actually working as the same funtion? So that I only need to use one of them, am I right ? And 2) seems like it can provide a more dynamic region of buffer and core. Does this means when I am running MD, the molecules enter the radii of R_QM will be deal with QM, enter the radii of R_BUF will be deal as buffer ect. Otherwise, the molecule moved out of the radii will be treat as MM? </div><div>  1) <a href="https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/QMMM/FORCE_MIXING.html#list_ADAPTIVE_EXCLUDE_MOLECULES">ADAPTIVE_EXCLUDE_MOLECULES</a></div><div>  2) <a href="https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/QMMM/FORCE_MIXING.html#list_R_BUF">R_BUF</a>, <a href="https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/QMMM/FORCE_MIXING.html#list_R_CORE">R_CORE</a> and <a href="https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/QMMM/FORCE_MIXING.html#list_R_QM">R_QM</a> </div><div>  3) <a href="https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/QMMM/FORCE_MIXING/QM_NON_ADAPTIVE.html">QM_NON_ADAPTIVE</a> and <a href="https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/QMMM/FORCE_MIXING/BUFFER_NON_ADAPTIVE.html">BUFFER_NON_ADAPTIVE</a></div><div><br></div><div>5. What does it means exactly of "buffer". I read the <a href="https://arxiv.org/pdf/1409.5218.pdf">https://arxiv.org/pdf/1409.5218.pdf</a> . And my understanding of "buffer" is a region of QM, which is deal with mixing forces method. I'm not sure  I am on the right track. </div><div><br></div><div><br></div><div>Thank you very much</div><div><br></div><div><br></div><div>Best,</div><div>Jessie </div><br>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/e2798cb0-c521-46b8-8dc5-cc60d0138f14n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/e2798cb0-c521-46b8-8dc5-cc60d0138f14n%40googlegroups.com</a>.<br />