<div><br></div>Dear Antun <div><br></div><div>The problem is not Cholesky decompose. </div><div>That error message appeared for a first run (see your log) where the EPS_SCF was set to</div><div>eps_scf:                                        5.00E-01</div><div>which is a very large value. The consequence is very wrong forces leading to unphysical structures and whatever possible error.</div><div><br></div><div>After that first run,  the simulation has been repeated (see log). Maybe starting again from the original structure or maybe form one of the unphysical structures that were generated in the previous run. I don't know. </div><div>Anyway, there the eps_scf is set to a reasonable value</div><div>eps_scf:                                        5.00E-07</div><div>but the problem is that every optimisation of the electronic structure does not succeed, hence again wrong forces are provided and the dynamics is also wrong. </div><div><br></div><div>The suggestion is: before starting MD, get a reasonable electronic structure for a reasonable (equilibrium?) initial structure. Check that the electronic structure model reproduces some known properties of the simulated system, testing the usual suspects: functional, cutoff, basis set, vdw corrections etc. </div><div>Only if the electronic structure model has been assessed, the MD simulations can be trusted, this is for sure a necessary condition. </div><div><br></div><div>Regards</div><div>marcella</div><div><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Wednesday, July 20, 2022 at 1:30:13 PM UTC+2 antunh...@gmail.com wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Dear all, <div>I'm trying to run some MD, but the geometry of my system doesn't converge. I get the error:</div><div>Cholesky decompose failed: the matrix is not positive definite or ill-conditioned. </div><div>Does anyone know how I can fix this?</div><div><br></div><div>Thanks in advance,</div><div>Antun.</div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/6827337d-8358-4242-93d5-e15b18cbb273n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/6827337d-8358-4242-93d5-e15b18cbb273n%40googlegroups.com</a>.<br />