Dear Alberto<div><br></div><div>The CELL parameters are for sure wrong for those coordinates, and you have overlapping atoms at the boundaries of the periodic cell</div><div>Regards</div><div>Marcella</div><div><br></div><div><br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Tuesday, July 12, 2022 at 11:19:59 PM UTC+2 alberto wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hello CP2K developers,<br><br>I would like to point out these WARNING messages that I am not understanding:<br><div><br></div><div>            
    
    

<p>
*** WARNING in particle_methods.F:684 :: The distance between the
atoms 1 ***</p>
<p> *** and 17 is only
0.094 angstrom and thus smaller than the threshold of  ***</p>
<p> *** 0.500 angstrom 
                                                      ***</p>
<p> *** WARNING in
particle_methods.F:684 :: The distance between the atoms 2 ***</p>
<p> *** and 81 is only
0.094 angstrom and thus smaller than the threshold of  ***</p>
<p> *** 0.500 angstrom 
                                                      ***</p>
<p> *** WARNING in
particle_methods.F:684 :: The distance between the atoms 3 ***</p>
<p> *** and 19 is only
0.094 angstrom and thus smaller than the threshold of  ***</p>
<p> *** 0.500 angstrom 
                                                      ***</p><p>….</p><p>however it seems to me that there are no atoms so close in my structure, in fact the atom-atom distances are greater than those indicated in the various warnings, as reported in the file “distances_YAG.txt” that I am attaching.</p><p><br>I am also attaching the input and output<br></p><p>Thank you all<br><br>Alberto<br><br></p></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/facd8142-cd00-4ce6-a659-b5087e763c2fn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/facd8142-cd00-4ce6-a659-b5087e763c2fn%40googlegroups.com</a>.<br />