Thank you very much for the advice.<br><br>I am using POISSON since it is an isolated cluster and a non-periodic system.<br>I did not specify any cell parameters in the input file since it is a cluster. I don't think there is any reason to specify a cell, and I believe the cp2k manual indicates that the program defaults to considering the project an isolated system if there are no cell parameters. Does this make sense to you? <br>It is true that cp2k terminates the program by itself if there are no cell parameters for MD, but for Geo, cp2k just keeps running without any error message.<br><div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Thursday, July 7, 2022 at 5:55:36 PM UTC+8 Marcella Iannuzzi wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hi<div><br></div><div>The simulation CELL is most probably far too small for the system.</div><div>Using </div><div>    &POISSON<br>      PERIODIC NONE<br>       POISSON_SOLVER MT<br>        &MT<br>          ALPHA 7.0<br>          REL_CUTOFF 1.2<br>        &END MT<br>    &END POISSON </div><div>a CELL that is approximately twice the size of the system in all direction is recommended. <br><br></div><div>Regards</div><div>Marcella</div><div><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Thursday, July 7, 2022 at 11:22:07 AM UTC+2 <a href data-email-masked rel="nofollow">wangch...@gmail.com</a> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear all,<div><br></div><div>I am new to cp2k and am performing a test geometry optimization.</div><div>  <br>The initial geometry is actually the result of Gaussian's geometry optimization. So the initial input of the structure should be reasonable enough for cp2k to run and converge in a short time. </div><div><br></div><div>But it displays "WARNING in particle_methods.F:684 :: The distance between the atoms *** *** 10 and 405 is only 0.496 angstrom  smaller than the threshold *** *** of 0.500 angstrom " a lot. And the program seems to be stuck in a weird corner and not updating anything in the output, but it keeps running on the server. I here attached the inp and out file here.<img alt="WechatIMG224.jpeg" width="534px" height="465px" src="https://groups.google.com/group/cp2k/attach/494a3391dcb58/WechatIMG224.jpeg?part=0.1&view=1"></div><div><br></div><div>I'm appreciate it if you can help me with this or provide any information refers to the problem.</div><div><br></div><div>Thank you !!</div></blockquote></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/df68ee45-8b62-408e-a416-4d5fe38f8b30n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/df68ee45-8b62-408e-a416-4d5fe38f8b30n%40googlegroups.com</a>.<br />