<div>Sorry, I should clarify the files attached. In Z-align, the CO 
molecule is aligned with the Z axis; Zperp is perpendicular to the Z 
axis. In the *closepack files, the PBC is 1x1x10, whereas in the others 
it is 5x5x10. The results are in the plot folder; where the figure 
Z-align-closepack.txt.png plots the energy difference as a function of Z
 displacement; a variation of 0.12 Hartrees is seen. In all the other 
experiments, the variation is much smaller, 0.001 Hartrees. <br></div><div><br></div><div>Best,</div><div>Alex</div><br><br><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Friday, 10 June 2022 at 15:09:18 UTC-4 alex van der waals wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div>Hi,</div><div><br></div><div>I've been seeing a strange effect from a calculation. I have a single CO molecule, that I am displacing through the Z axis of a 5x5x10, 2x2x10 and a 1x1x10 PBC (with periodicity on for all axes, angles=90 degrees for all), and doing single point energy calculations for each. I expect that because its periodic, there should be no difference in energy where in the PBC I put the CO molecule. Strangely however, there is an energy difference; as I scan the Z axis, the energy reported fluctuates up and down periodically. I am using the PBE functional  and a cutoff=300 fwiw.<br></div><div><br></div><div>I have attached figures and input files for the calcultions below.</div><div><br>Is this a known phenomenon?</div><div>Best,</div><div>Alex<br></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/ea430624-ef9e-422e-b710-424764dee7b5n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/ea430624-ef9e-422e-b710-424764dee7b5n%40googlegroups.com</a>.<br />