<div><br></div><div><br></div>Dear Laura, <div><br></div><div>The run you sent me is done for two collective variables, two distances, that behave in a very similar way (isn't this choice redundant). </div><div>The oscillations of these two variables are quite large, mostly between 1 and 8 Å.</div><div> I would say that the changes are too fast due to too large hills. But I cannot be sure because I do not know what these distances are.</div><div>The height of the hills used for this run is ~2.7 and they are spawned every 30 fs. </div><div>It is possible that the space has not been properly sampled and the FES resulting from the analysis done by graph is not reliable. </div><div>This is obviously only a guess, since I do not know the system and the type of topography that you are expecting. </div><div>As a rule of thumb, the height of the hills should be one order of magnitude smaller than the smaller energy barrier that you want to resolve.</div><div>If you are aiming at barriers of 27 eV, 2.7 eV is OK</div><div><br></div><div>Regards</div><div>Marcella</div><div> </div><div><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Monday, June 6, 2022 at 10:17:34 AM UTC+2 laura.b...@edu.unito.it wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Dear Marcella,<div><br></div><div>Thank you for your help!</div><div>I attach here the restart file used for obtaining the FES from graph.popt if this can help.</div><div>For running the calculation with graph.popt I wrote: graph.popt -cp2k -ndim 2 -ndw 1 2 -file metadyn_Ni_6Li_new-1_59500.restart -out fes.dat .</div><div>Do I have to add some other information?</div><div>Maybe I let the calculation run for too long, depositing too much Gaussians, so maybe I have to stop the calculation/consider another restart file related to a lower number of computed steps, obviously considering that the particle reached the expected position. </div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Laura<br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">Il giorno lunedì 6 giugno 2022 alle 09:46:00 UTC+2 Marcella Iannuzzi ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear Laura,<div><br></div><div>Difficult to guess what is going wrong with graph.popt. Maybe there is some normalisation factor that is wrongly set for the calculation of a multi-dimensional FES.</div><div>Maybe more information would help.</div><div>The python script you are indicating, though, it is not generating a FES from a metadynamics  potential. It builds a probability histogram from a standard molecular dynamics sampling.</div><div>This cannot be directly applied to an enhanced sampling, because you are not taking into account the bias potential in collecting the probability distribution. </div><div><br></div><div>Regards</div><div>Marcella</div><div><br></div><div><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Friday, June 3, 2022 at 6:51:17 PM UTC+2 <a rel="nofollow">laura.b...@edu.unito.it</a> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi everyone!<div>I am using CP2K for running metadynamics simulations. I used the graph.popt tool for obtaining the free energy of my system, but actually I can't understand how it is calculated. I read that the final energy results are in hartree but if I convert them in eV they do not make any sense in terms of order of magnitude, even if the obtained curve is in agreement with what I expected. I know that the free energy should be calculated considering the probability distribution of the CVs but if I try to reconstruct the curve in this way, I don't obtain the same results obtained by exploiting the graph.popt tool. I also tried to use the python script found at  <a href="https://www.cp2k.org/exercises:2021_uzh_acpc2:ex03" rel="nofollow" target="_blank" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en&q=https://www.cp2k.org/exercises:2021_uzh_acpc2:ex03&source=gmail&ust=1654618467138000&usg=AOvVaw0uRdMKHq_UMInBAaJuVZhQ">https://www.cp2k.org/exercises:2021_uzh_acpc2:ex03</a> and the range of free energy is reasonable in this case, but completely different respect to what obtained by using graph.popt, so I think that I'm not understanding what is printed by this program.</div><div>Can you help me to solve this question?</div><div><br></div><div>Kind regards,</div><div>Laura</div><div><br></div></blockquote></div></blockquote></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/a100d881-0486-40a4-aaad-678792892b39n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/a100d881-0486-40a4-aaad-678792892b39n%40googlegroups.com</a>.<br />