<div><br></div><div><br></div>Dear Pedro<div><br></div><div>The idea of sampling in the space of the CVs is that there are many structures corresponding to the same set of values of CVs</div><div>Monitoring the CV's value over the trajectory, you should be able to identify at which frames the values are in the region of the minimum.</div><div>By  starting a standard equilibrium MD from one of these structures, you can explore the region and collect more structures</div><div><br></div><div>Regards</div><div>Marcella <br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Wednesday, May 25, 2022 at 5:25:06 PM UTC+2 pedr...@gmail.com wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Dear all,<div><br></div><div>I have ran successfully a metadynamics simulation using the DISTANCE_FUNCTION colvar.</div><div>Then, I have plotted the fes.dat for that simulation but at the moment I need to extract a structure from the lowest energy points. The trajectory output seems to compile all saved structures but they are not ordered. How can I extract e.g., the exact structure for a specific colvar point of the graph?</div><div><br></div><div>Thank you in advance!</div><div><br></div><div>Pedro</div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/786a1ca8-3e3b-4062-a98e-d4cb15ac18f3n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/786a1ca8-3e3b-4062-a98e-d4cb15ac18f3n%40googlegroups.com</a>.<br />