right, that is rather bare. I am running AIMD with the following script. <br><br><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Thursday, May 12, 2022 at 11:55:19 AM UTC-5 Marcella Iannuzzi wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div><br></div>Dear Eric <div>the information you provide are not sufficient to understand what is going wrong in the simulation</div><div>cp2k can run MM with the amber force field</div><div>Regards</div><div>Marcella<br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Thursday, May 12, 2022 at 6:10:26 PM UTC+2 <a href data-email-masked rel="nofollow">eric.ledi...@gmail.com</a> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Dear CP2K community</div><div><br></div><div>I am seeing some odd behavior with the hydrogen on a couple of molecules. I think it is something to do with periodic boundary interactions, and I was wondering if there was a way to minimize initial positions. I don't have classical MD parameters ready, as I am running it AIMD, but I can assign GAFF values and run it a round through amber minimization I guess, but I don't know if CP2K can take amber output. Any guidance would be much appreciated. </div><div><br></div><div>With best wishes</div><div>Eric</div><div><br></div><div><br></div><img alt="Screen Shot 2022-05-12 at 10.56.06 AM.png" width="534px" height="368px" src="https://groups.google.com/group/cp2k/attach/5bf4fab969e3a/Screen%20Shot%202022-05-12%20at%2010.56.06%20AM.png?part=0.1&view=1"><br><div><br></div><div><br></div></blockquote></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/a84b943c-b43a-4fe5-88a1-06a434eebc1fn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/a84b943c-b43a-4fe5-88a1-06a434eebc1fn%40googlegroups.com</a>.<br />