<p>Hi everyone,
I hope you are all doing fine.</p>

<p>CP2K is
completely new for me, and it is proving to be a challenge. I am attempting to simulate
liquid DMSO (a simple molecule with 10 atoms) just as a test. So far, I have tried
to build my input based on tutorials simulating liquid water and tweaking it
for DMSO.</p>

<p>The
calculation is running fine and converging quite smoothly but looking at the DMSO-pos-1.xyz
file that’s being generated I can see that the atoms are barely shaking. I’m
attaching (and showing below) my input and the xyz file. Any help would be much
appreciated.</p>

<p>Thanks in
advance.</p>

<p>Vvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvv
INPUT vvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvvv</p><p>&GLOBAL<br>  PROJECT DMSO<br>  RUN_TYPE MD             <br>&END GLOBAL<br><br>&FORCE_EVAL<br>  METHOD Quickstep<br>  &DFT<br>    BASIS_SET_FILE_NAME GTH_BASIS_SETS<br>    POTENTIAL_FILE_NAME GTH_POTENTIALS            <br>    CHARGE 0<br>    MULTIPLICITY 1<br><br>    &MGRID<br>       CUTOFF [Ry] 400 <br>    &END<br><br>    &QS<br>       METHOD GPW <br>       EPS_DEFAULT 1.0E-10 <br>       EXTRAPOLATION ASPC <br>    &END<br><br>    &POISSON<br>       PERIODIC XYZ ! the default, gas phase systems should have 'NONE' and a wavelet solver<br>    &END<br><br>    &PRINT<br>       &E_DENSITY_CUBE OFF<br>       &END E_DENSITY_CUBE<br>       &MO_CUBES<br>          NLUMO 4<br>          NHOMO 4<br>          WRITE_CUBE .FALSE.<br>          &EACH<br>            MD 10<br>          &END<br>       &END<br>    &END<br><br>    &SCF                              <br>      SCF_GUESS ATOMIC <br>      MAX_SCF 500<br>      EPS_SCF 1.0E-6 <br>      &OT<br>        PRECONDITIONER FULL_SINGLE_INVERSE<br>        MINIMIZER DIIS<br>      &END OT<br>      &OUTER_SCF ! repeat the inner SCF cycle 10 times<br>        MAX_SCF 10<br>        EPS_SCF 1.0E-6<br>      &END<br>      &PRINT<br>        &RESTART OFF<br>      &END<br>      &END<br>    &END SCF<br><br>    &XC<br>      &XC_FUNCTIONAL <br>         &PBE<br>         &END<br>      &END XC_FUNCTIONAL<br>      ! adding Grimme's D3 correction (by default without C9 terms) <br>      &VDW_POTENTIAL<br>         POTENTIAL_TYPE PAIR_POTENTIAL <br>         &PAIR_POTENTIAL<br>            PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat<br>            TYPE DFTD3<br>            REFERENCE_FUNCTIONAL PBE<br>            R_CUTOFF [angstrom] 16<br>         &END<br>      &END VDW_POTENTIAL<br>    &END XC<br>  &END DFT<br> <br>  &SUBSYS<br>    &CELL <br>      ABC [angstrom] 9.0 9.0 9.0<br>    &END CELL<br><br>    &TOPOLOGY<br>      COORD_FILE_NAME DMSOcaixa.xyz<br>      COORD_FILE_FORMAT XYZ<br>    &END<br><br>    &KIND H                              <br>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH         <br>      POTENTIAL GTH-PBE-q1             <br>    &END KIND<br>    &KIND C<br>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH<br>      POTENTIAL GTH-PBE-q4<br>    &END KIND<br>    &KIND O<br>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH<br>      POTENTIAL GTH-PBE-q6<br>    &END KIND<br>    &KIND S<br>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH<br>      POTENTIAL GTH-PBE-q6<br>    &END KIND<br>  &END SUBSYS<br>&END FORCE_EVAL<br><br>! how to propagate the system, selection via RUN_TYPE in the &GLOBAL section<br>&MOTION<br>  &PRINT<br>    &TRAJECTORY<br>      &EACH<br>        MD 1<br>      &END EACH<br>    &END TRAJECTORY<br>    &VELOCITIES OFF<br>    &END VELOCITIES<br>    &FORCES OFF<br>    &END FORCES<br>    &RESTART_HISTORY<br>      &EACH<br>        MD 500<br>      &END EACH<br>    &END RESTART_HISTORY<br>    &RESTART<br>      BACKUP_COPIES 3<br>      &EACH<br>        MD 1<br>      &END EACH<br>    &END RESTART<br>  &END PRINT<br> &GEO_OPT<br>   OPTIMIZER BFGS ! Good choice for 'small' systems (use LBFGS for large systems)<br>   MAX_ITER  100<br>   MAX_DR    [bohr] 0.003 ! adjust target as needed<br>   &BFGS<br>   &END<br> &END<br> &MD<br>   ENSEMBLE NVT  ! sampling the canonical ensemble, accurate properties might need NVE<br>   TEMPERATURE [K] 300<br>   TIMESTEP [fs] 0.5<br>   STEPS 1000<br>   # GLE thermostat as generated at http://epfl-cosmo.github.io/gle4md <br>   # GLE provides an effective NVT sampling.<br>   &THERMOSTAT<br>     REGION MASSIVE<br>     TYPE GLE<br>     &GLE<br>       NDIM 5<br>       A_SCALE [ps^-1] 1.00<br>       A_LIST    1.859575861256e+2   2.726385349840e-1   1.152610045461e+1  -3.641457826260e+1   2.317337581602e+2<br>       A_LIST   -2.780952471206e-1   8.595159180871e-5   7.218904801765e-1  -1.984453934386e-1   4.240925758342e-1<br>       A_LIST   -1.482580813121e+1  -7.218904801765e-1   1.359090212128e+0   5.149889628035e+0  -9.994926845099e+0<br>       A_LIST   -1.037218912688e+1   1.984453934386e-1  -5.149889628035e+0   2.666191089117e+1   1.150771549531e+1<br>       A_LIST    2.180134636042e+2  -4.240925758342e-1   9.994926845099e+0  -1.150771549531e+1   3.095839456559e+2<br>     &END GLE<br>   &END THERMOSTAT<br> &END<br>&END<br></p>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/a2fd7fc0-1840-42b4-b61c-430f2f38919en%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/a2fd7fc0-1840-42b4-b61c-430f2f38919en%40googlegroups.com</a>.<br />