Swtich from openMPI to MPICH, then you can perform the test with root user. <div><br></div><div>Anyway, if can use the official docker image. </div><div><br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Monday, March 7, 2022 at 12:27:15 PM UTC+8 hanks....@gmail.com wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div>Dear CP2K developers and users,</div><div><br></div><div>I am new to the CP2K program. </div><div>Recently, I tried to compile CP2K-9.1 on Ubuntu 20.04 LTS with gcc-11.2.0 by using the toolchain. </div><div><br></div><div>At first, I did everything as root. I decompressed the CP2K-9.1 in /opt/cp2k-9.1 directory. The compiling process was fine, however, I could not be able to run test with "make -j 16 ARCH=local VERSION=psmp test". I tried to add </div><div><br></div><div>export  OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT=1</div><div>export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT_CONFIRM=1</div><div><br></div><div>However, I was still unable to run the test as root. In addition, I was not allowed to run the test as a normal user due to "Permission denied" at /opt directory.</div><div><br></div><div>Then, I repeated the whole compiling process at ~/Public directory as a normal user. The compiling process was fine as well. But the when I preformed the test with "make -j 16 ARCH=local VERSION=psmp test", there were 51 "Time out" errors appearing at the end. I also checked the CPU consumption during the test. It is strange that I requested 16 cores, however, there were only 2 cores working.</div><div><br></div><div>Please see the attached Markdown file of the full records of the compiling and test with the file name of "<a href="http://cp2k-9.1_GNU_installation_info_and_test.md" target="_blank" rel="nofollow" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en&q=http://cp2k-9.1_GNU_installation_info_and_test.md&source=gmail&ust=1650969216421000&usg=AOvVaw2-u2hzAaYKtgpamcB1kj4y">cp2k-9.1_GNU_installation_info_and_test.md</a>", and the screenshot of "htop".</div><div><br></div><div>My questions are:</div><div>1) How can I run the test as root or by using sudo?</div><div><br></div><div>2) Is there any "lock" when running "make -j 16 ARCH=local VERSION=psmp test"? </div><div>Since I tried to copy H2O-32.inp from benchmarks/QS/ directory to ~/test/ directory, it run well with 16 cores and even full cores on my workstation.</div><div><br></div><div>3) As far as I know, CP2K is extremely fastidious about the Intel compilers, as shown in the <a href="https://www.cp2k.org/dev:compiler_support" target="_blank" rel="nofollow" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en&q=https://www.cp2k.org/dev:compiler_support&source=gmail&ust=1650969216421000&usg=AOvVaw1zUZxAKzGZTdAnpEy49ad4">https://www.cp2k.org/dev:compiler_support</a> link.</div><div>I am not sure if the "Intel classic 19.1.1" is the same as the "Intel parallel studio xe 2019 update1 cluster edition"?</div><div>Whether all versions of Intel oneAPI fail to compile CP2K?  </div><div><br></div><div>It would be greatly appreciated if any of you could provide suggestions.  <br></div><div><br></div><div>Best regards,</div><div><br></div><div><div><div><div>Huan</div></div></div></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/78bb0665-c522-4756-93bf-29b3d1db22dfn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/78bb0665-c522-4756-93bf-29b3d1db22dfn%40googlegroups.com</a>.<br />