Hi CP2K experts, <div><br></div><div>I am using COD cif files for some polymorphs of glycine. However, It seems that CP2K has some issues with reading gamma glycine (http://www.crystallography.net/cod/4504972.html). </div><div>I suppose it might be a problem with the cif file, but CP2K starts to write a warning infinite times:</div><div><br></div><div>************************************************************************************</div><div> GENERATE|  Preliminary Number of Bonds generated:                             9<br><br> GENERATE| WARNING in connectivity generation!<br> GENERATE| Two molecules/residues named (MOL2) have different  number of atoms.<br> GENERATE| Molecule starting at position (12) has Nr. <0> of atoms.<br> GENERATE| while the other same molecules have Nr. <1> of atoms!<br> GENERATE| Increasing bondparm_factor by 1.05.. An error was found in the generated<br> GENERATE| connectivity. Retry...<br> GENERATE| Present value of BONDPARM_FACTOR (   Infinity ).<br></div><div>***************************************************************************************</div><div><br></div><div>and the output file size goes up to Gigabytes in a few seconds. </div><div><br></div><div>Apologies if I wrote 'bug' and it is not. I appreciate any help on this. </div><div><br></div><div>Kindest regards,</div><div>Mozhdeh</div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/b2326837-eaea-48c2-b38d-14edc93f7f69n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/b2326837-eaea-48c2-b38d-14edc93f7f69n%40googlegroups.com</a>.<br />