Dear CP2K Users,<br><div><br></div><div>I want to do a MD simulation about a reaction of two molecules, <span style="white-space: pre-wrap;">where the two molecules contain a O and a C respectively. I needed to prevent these two atoms (O and C in two molecules respectively) moving more than 3 angstrom </span><span style="white-space: pre-wrap;">from each other. So I find two </span>methods that might work, but I don't know which one is applicative or I need to connect both of the following methods together.</div><div><br></div><div>5 and 9 is the atom O and C. X0, Y0, Z0 in external potential section is the coordinates of atom 5.<br></div><div>1. Using External potential section. </div><div>   &EXTERNAL_POTENTIAL<br>     ATOMS_LIST   9<br>     FUNCTION     A*(Z-Z0)^8<br>     PARAMETERS   A Z0<br>     VALUES       0.001  0.347<br>     UNITS        eV angstrom<br>   &END<br>   &EXTERNAL_POTENTIAL<br>     ATOMS_LIST   9<br>     FUNCTION     A*(X-X0)^8<br>     PARAMETERS   A X0<br>     VALUES       0.001  1.091<br>     UNITS        eV angstrom<br>   &END<br>   &EXTERNAL_POTENTIAL<br>     ATOMS_LIST   9<br>     FUNCTION     A*(Y-Y0)^8<br>     PARAMETERS   A Y0<br>     VALUES       0.001  0.062<br>     UNITS        eV angstrom<br></div><div><br></div><div>For the second methods, I just want to <span style="white-space: pre-wrap;">apply the Wall without doing Meta-MD, so I close the DO_HILLS</span><span style="white-space: pre-wrap;"> </span></div><div>2. Using Meta-MD Wall section.</div><div>    &METADYN<br>      DO_HILLS .FALSE.<br>      NT_HILLS 10000<br>      &METAVAR<br>        SCALE 0.2<br>        COLVAR 1<br>        &WALL<br>          POSITION [angstrom] 3.0<br>          TYPE QUARTIC<br>          &QUARTIC<br>            DIRECTION WALL_PLUS<br>            K  [kcalmol] 40.0<br>          &END QUARTIC<br>        &END WALL<br>      &END METAVAR<br></div><div>...........</div><div>     &COLVAR<br>       &COORDINATION<br>         ATOMS_FROM  5<br>         ATOMS_TO   9<br>         R_0 [angstrom]  3.0<br>         NN  8<br>         ND  14<br>       &END COORDINATION<br>     &END COLVAR<br>   &END SUBSYS<br></div><div><br></div><div><div>If someone have time to give me some advices, i would appreciate it.</div><div>Best regards</div><div><br></div><div>Bai</div></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/2aec252a-fbe4-48f9-9262-5543b7efc10cn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/2aec252a-fbe4-48f9-9262-5543b7efc10cn%40googlegroups.com</a>.<br />