Dear Marcella,<div>thank you for your suggestions and sorry for my late response.</div><div><br></div><div>I considered your last proposal, but actually my simulation is already a metadynamics (sorry I did not specified in the previous message)on a different CV.</div><div>I tried (uselessly) to define a new METADYN/METAVAR/WALL section for the unbiased CV in FREE_ENERGY, imposing DO_HILLS .FALSE., but I cannot repeat METADYN section. </div><div>Is there a way to impose WW equal to 0.0 only for one of CVs included in 

FREE_ENERGY section, so to bias just one of them?</div><div><br></div><div>Thank you for your kind support and availability.</div><div>Best regards,</div><div>Emma Rossi</div><div><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">Il giorno giovedì 10 febbraio 2022 alle 09:55:31 UTC+1 Marcella Iannuzzi ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Dear Emma, <div><br></div><div>The restraint on the distance is not going to help you in this case.</div><div>I see a few other possibilities: </div><div>You could use a mix force-environment, where you  define a proper potential (non bonded type) for the parameter you want to control.</div><div>You use the restraint on a coordination number, rather than on a distance.</div><div>You activate a sort of fake-metadynamics run, where you apply no metadynamics potential, but a wall potential on the distance CV. <br><br></div><div>Regards</div><div>Marcella</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Wednesday, February 9, 2022 at 12:33:36 PM UTC+1 <a href="" data-email-masked="" rel="nofollow">emma.r...@studenti.unipd.it</a> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear CP2K community,<div>I am running a molecular dynamics simulation for a system containing an ion and triphosphate.</div><div>I need to avoid the center of mass of triphosphate to go further than 6.5 A away from the ion, but I need to sample lower intermolecular distances. </div><div><br></div><div>I would apply an half-harmonic potential centered around 6 A and growing for larger distances. Unfortunately, I have found only harmonic potentials for constraining collective variables ( <a href="https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/MOTION/CONSTRAINT/COLLECTIVE/RESTRAINT.html" rel="nofollow" target="_blank" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=it&q=https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/MOTION/CONSTRAINT/COLLECTIVE/RESTRAINT.html&source=gmail&ust=1645264469500000&usg=AFQjCNGsl7Yj_bGtpYAiibNXtgANFmMhlA">https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/MOTION/CONSTRAINT/COLLECTIVE/RESTRAINT.html</a>)</div><div>, which would prevent sampling of distances lower than 6 A.</div><div><br></div><div>I would be very grateful if you could suggest me any solutions for my problem.</div><div>Thank you in advance.</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Emma Rossi</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></blockquote></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/9df00c50-b1cd-4c70-9449-ff461efc3629n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/9df00c50-b1cd-4c70-9449-ff461efc3629n%40googlegroups.com</a>.<br />