Dear Emma, <div><br></div><div>The restraint on the distance is not going to help you in this case.</div><div>I see a few other possibilities: </div><div>You could use a mix force-environment, where you  define a proper potential (non bonded type) for the parameter you want to control.</div><div>You use the restraint on a coordination number, rather than on a distance.</div><div>You activate a sort of fake-metadynamics run, where you apply no metadynamics potential, but a wall potential on the distance CV. <br><br></div><div>Regards</div><div>Marcella</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Wednesday, February 9, 2022 at 12:33:36 PM UTC+1 emma.r...@studenti.unipd.it wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Dear CP2K community,<div>I am running a molecular dynamics simulation for a system containing an ion and triphosphate.</div><div>I need to avoid the center of mass of triphosphate to go further than 6.5 A away from the ion, but I need to sample lower intermolecular distances. </div><div><br></div><div>I would apply an half-harmonic potential centered around 6 A and growing for larger distances. Unfortunately, I have found only harmonic potentials for constraining collective variables ( <a href="https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/MOTION/CONSTRAINT/COLLECTIVE/RESTRAINT.html" target="_blank" rel="nofollow" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en&q=https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/MOTION/CONSTRAINT/COLLECTIVE/RESTRAINT.html&source=gmail&ust=1644568856940000&usg=AFQjCNHE332Ms9OcFc4h9ipPg8l-GIOCWw">https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/MOTION/CONSTRAINT/COLLECTIVE/RESTRAINT.html</a>)</div><div>, which would prevent sampling of distances lower than 6 A.</div><div><br></div><div>I would be very grateful if you could suggest me any solutions for my problem.</div><div>Thank you in advance.</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Emma Rossi</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/b6b04ef8-2791-40de-b3e6-3a0d57aafc18n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/b6b04ef8-2791-40de-b3e6-3a0d57aafc18n%40googlegroups.com</a>.<br />