<span></span>
        
        

<p>
Dear all,</p>

<p>I
have a doubt on how to define periodic boundary conditions
(PBC) for a QM/MM system (protein with a small QM region and a large
MM region that includes solvent). As far as I have seen, there are
several sections where one can define cell information (sections 1-2
beneath) and Poisson solver methods for electrostatic interactions
(sections 3-5):</p>

<p style="font-weight: normal;">
<span><b>1. /SUBSYS/CELL/PERIODIC</b>
(default XYZ)</span><em><span style="font-weight: normal;"><span>: Specify
the directions for which periodic boundary conditions (PBC) will be
applied. Important notice: This applies to the generation of the pair
lists as well as to the application of the PBCs to positions. See the
POISSON section to specify the periodicity used for the
electrostatics. </span></span></em>


</p><p>
<span><b>2. /QMMM/CELL/PERIODIC</b> (default
None):</span> <em><span style="font-weight: normal;"><span>Specify
the directions for which periodic boundary conditions (PBC) will be
applied. Important notice: This applies to the generation of the pair
lists as well as to the application of the PBCs to positions.</span></span></em></p>

<p>
<span><b>3. /DFT/POISSON/PERIODIC</b>
(default XYZ):</span> <em><span style="font-weight: normal;"><span>Specify
the directions in which PBC apply. Important notice, this only
applies to the electrostatics. See the CELL section to specify the
periodicity used for e.g. the pair lists.</span></span></em></p>

<p>
<span><b>4. /MM/POISSON/PERIODIC</b>
(default XYZ):</span> <em><span style="font-weight: normal;"><span>Specify
the directions in which PBC apply. Important notice, this only
applies to the electrostatics. See the CELL section to specify the
periodicity used for e.g. the pair lists.</span></span></em></p>

<p><b>5.
/QMMM/PERIODIC/POISSON</b><span style="font-weight: normal;"><b>/PERIODIC</b>
(default XYZ):</span> <em><span style="font-weight: normal;">Specify
the directions in which PBC apply. Important notice, this only
applies to the electrostatics. See the CELL section to specify the
periodicity used for e.g. the pair lists.</span></em></p>

<p><em><span style="font-style: normal;">If
I understand this correctly</span></em><em><span style="font-style: normal;">,
in a QM/MM framework section </span></em><em><span style="font-style: normal;">1</span></em><em><span style="font-style: normal;">
can be used to </span></em><em><span style="font-style: normal;">specify</span></em><em><span style="font-style: normal;">
the periodicity of the large MM </span></em><em><span style="font-style: normal;">cell</span></em><em><span style="font-style: normal;">
that encloses the entire system, and section </span></em><em><span style="font-style: normal;">2</span></em><em><span style="font-style: normal;">
to define the periodicity of the small QM </span></em><em><span style="font-style: normal;">cell</span></em><em><span style="font-style: normal;">
</span></em><em><span style="font-style: normal;">that encloses the
electron density </span></em><em><span style="font-style: normal;">(using
the Blöchl </span></em><em><span style="font-style: normal;">decoupling
scheme</span></em><em><span style="font-style: normal;"> described in
Laino2006?).</span></em></p>

<p><em><span style="font-style: normal;">What
is a bit confusing </span></em><em><span style="font-style: normal;">to</span></em><em><span style="font-style: normal;">
me are sections </span></em><em><span style="font-style: normal;">3</span></em><em><span style="font-style: normal;">,
</span></em><em><span style="font-style: normal;">4</span></em><em><span style="font-style: normal;">,
and </span></em><em><span style="font-style: normal;">5, </span></em><em><span style="font-style: normal;">when
section </span></em><em><span style="font-style: normal;">2</span></em><em><span style="font-style: normal;">
is either None or </span></em><em><span style="font-style: normal;">Periodic</span></em><em><span style="font-style: normal;">.
</span></em><em><span style="font-style: normal;">What are these three
sections controlling exactly? The </span></em><em><span style="font-style: normal;">electrostatic
interactions between (3) </span></em><em><span style="font-style: normal;">QM-<b>QM’</b>,
</span></em><em><span style="font-style: normal;">(4) </span></em><em><span style="font-style: normal;">MM-<b>MM’</b>,</span></em><em><span style="font-style: normal;">
</span></em><em><span style="font-style: normal;">and (5) </span></em><em><span style="font-style: normal;">QM-<b>MM’</b>
/ </span></em><em><span style="font-style: normal;">MM-<b>QM’</b></span></em><em><span style="font-style: normal;">
</span></em><em><span style="font-style: normal;">atoms in the
</span></em><em><span style="font-style: normal;">primary–<b>periodic’</b>
cells</span></em><em><span style="font-style: normal;">? </span></em><em><span style="font-style: normal;">What
happens with </span></em><em><span style="font-style: normal;">3 and 5</span></em><em><span style="font-style: normal;">
if section 2 is set to None (</span></em>i.e. <em><span style="font-style: normal;">system without <b>QM'</b> images)?</span></em></p>

<p><em><span style="font-style: normal;">Thanks in advance</span></em><em><span style="font-style: normal;">,</span></em></p>

<p><em><span style="font-style: normal;">Ludwig</span></em></p>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/d918688c-4564-4354-bd4a-10405a653f0fn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/d918688c-4564-4354-bd4a-10405a653f0fn%40googlegroups.com</a>.<br />