<div>Hi!</div><div>I would like to make a simulation in CP2K, using AM1 on a system containing 33 NH3 molecules, in a cell with 10.855 angstroms as side length and with periodic boundary condition. My aim with this simulation is to get from randomly generated molecule positions to a somewhat realistic arrangement to be used later in an AIMD simulation. How can I ensure that the molecules stay in the said cell during the simulation? I attached the last structure of the simulation (and my input file) and as you can see the max distance between two molecules is clearly bigger than what it could be in a box with 10.855 angstrom sides.</div><div>All help is appreciated!</div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/130dff75-85a6-444c-afb2-c28618598be8n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/130dff75-85a6-444c-afb2-c28618598be8n%40googlegroups.com</a>.<br />