Here is the system ( i had to remove the water else the file was to heavy and i couldn't post it).<br><br><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">Le jeudi 2 décembre 2021 à 22:37:12 UTC+1, Moser Mario a écrit :<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div>Dear all,</div><div>im still new  to cp2k and im trying to set up a QM/MM system between the histidines of my protein and the zinc atoms present in the system (system.pdb attached in second message ).</div><div>I also attached my input file, im wondering how to select efficiently MM_INDEX in &QM_KIND , &LINK with QM_index and MM_index and also RADIUS. <br></div><div>I did it by hand for MM_INDEX to select the atoms i want to be treated in QM and if i want to select more amino acids it wouldn't be very practical, i tried this : <a href="https://docs.bioexcel.eu/qmmm_bpg/en/main/system_preparation/selecting_qm_atoms.html" target="_blank" rel="nofollow" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=fr&q=https://docs.bioexcel.eu/qmmm_bpg/en/main/system_preparation/selecting_qm_atoms.html&source=gmail&ust=1638643664654000&usg=AFQjCNHLReLfVoc3YVgOZbmFqgKMVfMX4A">https://docs.bioexcel.eu/qmmm_bpg/en/main/system_preparation/selecting_qm_atoms.html</a> but it did not work for me.</div><div><br>Best regards,</div><div></div><div>Mario.<br></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/3be46e44-291a-4373-9dd3-95ecdcbc9ba2n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/3be46e44-291a-4373-9dd3-95ecdcbc9ba2n%40googlegroups.com</a>.<br />