<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi,<div>  Thank you very much! Do you have some detailed input? I have seen the manual about this section, but I am still confused with some keywords:</div><div>  (1) How do we set ATOM_TYPE? Do I need to set MOLNAME and MOLECULE? It seems that these two keywords are about QM/MM. My system contains a lot of H2O, OH- and Na+, and the coordination section is:</div><div><div>Na  Â  9.215  Â 6.592  Â 1.668</div><div>Na  Â 14.130  14.360  Â 2.607</div></div><div>O  Â  Â 9.966  14.063  13.214</div><div>H  Â  Â 9.488  14.543  12.480</div><div>H  Â  10.743  13.638  12.750</div><div>O  Â  13.501  Â 5.419  14.746</div><div>H  Â  13.691  Â 5.028  13.845</div><div>H  Â  12.615  Â 5.047  15.023</div><div>O  Â  Â 7.910  Â 9.825  Â 6.157</div><div>H  Â  Â 7.948  Â 9.265  Â 5.391</div><div>O  Â  Â 7.189  Â 5.650  Â 9.573</div><div>H  Â  Â 6.475  Â 5.731  Â 8.952</div><div>...</div><div>  (2)  In my system, the Na has no bonds with H. If I just use such simple input entry,  will the Na-H bond be fixed?</div><div>  With my best regards,</div><div>  Junbo</div></div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">'Dawid das' via cp2k <<a href="mailto:cp2k@googlegroups.com">cp2k@googlegroups.com</a>> äºŽ2021å¹´11月29日周一 ä¸Šåˆ2:19写道:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>This part of input will simply constrain all bond lengths at their initial value given the bond is between H and any other atom. I think that it is only important that atom name type starts with H. Otherwise it is not recognized as a hydrogen.<br></div></div>

<p></p>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this topic, visit <a href="https://groups.google.com/d/topic/cp2k/6SoZ1vxdqRY/unsubscribe" target="_blank">https://groups.google.com/d/topic/cp2k/6SoZ1vxdqRY/unsubscribe</a>.<br>
To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br>
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/CAKSLqn70%2BmuK6c6HACMsG4_UeFnXosFszXYV6AFoHdxb%3Drzm3A%40mail.gmail.com?utm_medium=email&utm_source=footer" target="_blank">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/CAKSLqn70%2BmuK6c6HACMsG4_UeFnXosFszXYV6AFoHdxb%3Drzm3A%40mail.gmail.com</a>.<br>
</blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/CABo9sDCcUNEqpG69bijRUi50k7x2rbaonTP5_NyPLegzNERzyg%40mail.gmail.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/CABo9sDCcUNEqpG69bijRUi50k7x2rbaonTP5_NyPLegzNERzyg%40mail.gmail.com</a>.<br />