Hi Matt,<div>Thank you. It is for sure a memory leak. The calculation starts using 500Mb and reaches 128Gb after 12h. Also, the same calculation doesn't have this issue on other machines using the same number of cores.</div><div>I will try to with the GNU compiler.</div><div>Thank you for the help<br></div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Daria</div><div><br></div><div><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">Il giorno lunedì 8 novembre 2021 alle 12:58:15 UTC+1 Matt D ha scritto:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hi Daria,<div><br></div><div>I've recently encountered this problem elsewhere. The fix in this case was to recompile with OpenMPI using a GNU compiler rather than IntelMPI and an intel compiler. </div><div><br></div><div>I'm not 100% sure about the technical details as this was done by the support services but it seemed to work. They also used the leak sanitizer tool to test things and this can be found in the cp2k documentation. </div><div><br></div><div>Finally I'd check whether it is a leak or simply a high memory requirement job. If it's the former, using the above fix worked for us. However with the latter, the memory consumption with job time should plateau rather than be constantly increasing. You can check to see by first using only a few processors per node to increase the maximum memory capacity and allowing jobs to run for at least a few minutes. If you then set a short WALLTIME in cp2k of just a few minutes, it should then terminate properly and tell you the maximum memory consumption at the end. If you systematically increase the WALLTIME you can then evaluate how the max memory changes with WALLTIME. If it is constantly increasing then it is a leak, if not using less cores per node is the best solution.</div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div>Matt<br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Friday, 5 November 2021 at 13:51:35 UTC Daria wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><p>Dear all,</p>

<p>I’m trying
to run cp2k on the new Dutch supercomputer Snellius. However I experience huge
memory leaks.</p>

<p>The code
has been compiled with Easybuild</p>

<p><a href="https://github.com/easybuilders/easybuild-easyconfigs/blob/develop/easybuild/easyconfigs/c/CP2K/CP2K-8.2-foss-2021a.eb" rel="nofollow" target="_blank" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=it&q=https://github.com/easybuilders/easybuild-easyconfigs/blob/develop/easybuild/easyconfigs/c/CP2K/CP2K-8.2-foss-2021a.eb&source=gmail&ust=1636619603083000&usg=AFQjCNFrvVbt9Qhs-cpoQNiB9pO0qtzAAg">https://github.com/easybuilders/easybuild-easyconfigs/blob/develop/easybuild/easyconfigs/c/CP2K/CP2K-8.2-foss-2021a.eb</a></p>

<p>Does anyone
have suggestions on what I could try to fix the problem?</p>

<p>Thank you</p>

<p>Daria</p></blockquote></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/a57e8518-153f-4331-9ff6-149f9d1a243en%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/a57e8518-153f-4331-9ff6-149f9d1a243en%40googlegroups.com</a>.<br />