<div><br></div>Dear JHu<div><br></div><div>It is not surprising that you do not find exactly the same CV values in the *-COLVAR.metadynLog.</div><div>The FES generated by graph is reconstructed from the metadynamics potential, made of Gaussian contributions centred on the points where the trajectory is found when the Gaussian is spawn. </div><div><br></div><div>The second issue is related to an error in reading the input.</div><div><br></div><div>Regards</div><div>Marcella</div><div><br></div><div><br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Tuesday, November 2, 2021 at 3:48:01 AM UTC+1 hujin...@gmail.com wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div>Dear cp2k users and developers</div><div><br></div><div>I'm learning the metadynamic recently and met the following problems about postprocessing.<br></div><div><br></div><div>The first one is that in the postprocessing of constructing the free energy surface, I used 'graph.popt -ndim 2 -ndw 1 2 -file *.restart -find-minima -cp2k' to get the minimum point on the free energy surface. I got  three sets of data which include two CV values ​​and corresponding free energy values, respectively. But awkwardly, I cannot find  the corresponding 
CV value in the original *-COLVAR.metadynLog file and thus fail to find the specific 
structural configuration

. So, I want to know how to find the structural configuration 
corresponding 

to the minimum point on the free energy surface.</div><div><br></div><div>The second question is that I tried to use 'graph.popt -ndim 2 -ndw 1 2 -file *.restart -find path -point-a CVs -point-b CVs -cp2k' to get the path between the minimums, but the command lines went wrong as follows:</div><div><br></div><div>
forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit -5, file Internal List-Directed Read<br>
Image              PC                Routine            Line        Source             <br>
graph.popt         00000000004F55FB  Unknown               Unknown  Unknown<br>
graph.popt         000000000051C5B1  Unknown               Unknown  Unknown<br>
graph.popt         000000000051B2D5  Unknown               Unknown  Unknown<br>
graph.popt         000000000040E935  MAIN__                    330  graph.F<br>
graph.popt         000000000040CA62  Unknown               Unknown  Unknown<br>
<a href="http://libc-2.17.so" target="_blank" rel="nofollow" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en&q=http://libc-2.17.so&source=gmail&ust=1635927380706000&usg=AFQjCNGuA9O5Z4MiJZSARKur2nJHPrizsA">libc-2.17.so</a>       00002B42666F4555  __libc_start_main     Unknown  Unknown<br>
graph.popt         000000000040C969  Unknown               Unknown  Unknow</div><div><br></div><div>I have no idea about this problem. If someone can offer some help on any question between these two, I would be really appreciate!<br></div><div><br></div><div>Regards!</div><div>JHu<br></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br />
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br />
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k+unsubscribe@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.com</a>.<br />
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/32f25081-e4ed-4694-be1f-a40c5ef30eb0n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/32f25081-e4ed-4694-be1f-a40c5ef30eb0n%40googlegroups.com</a>.<br />