<br><div>Dear all,</div><div><br></div><div>I plan to run QM/MM simulation for Pt-H2O system. In order to have information for the force field parameters for H2O molecule a separate connectivity (in psf format: "start.psf") is provided with the coordinates. However, cp2k code generates its own connectivity at the beginning ("TEST-56Pt4ang-highk-dump-1.psf"). The only difference between the two files is the third column under the "!NATOM" section, which I understand gives the information for "residue ID". <br></div><div><br></div><div>I want to understand, how cp2k calculates the "residue ID" and why is it different from the input? And will the above mentioned difference in the connectivity files affect the simulation in the long run (although !NBOND  and !NTHETA sections stay the same)? <br></div><div><br></div><div>Please do correct me if any information provided seems wrong.<br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>"start.psf"</div><div>        60 !NATOM<br>         1 H2O      1        H2O      O       O      -0.847600        15.999           0<br>         2 H2O      1        H2O      H       H       0.423800         1.008           0<br>         3 H2O      1        H2O      H       H       0.423800         1.008           0<br>         4 H2O      2        H2O      O       O      -0.847600        15.999           0<br>         5 H2O      2        H2O      H       H       0.423800         1.008           0<br>         6 H2O      2        H2O      H       H       0.423800         1.008           0<br>         7 H2O      3        H2O      O       O      -0.847600        15.999           0<br>         8 H2O      3        H2O      H       H       0.423800         1.008           0<br>         9 H2O      3        H2O      H       H       0.423800         1.008           0</div><div>....</div><div><br></div><div>"TEST-56Pt4ang-highk-dump-1.psf"</div><div>        60 !NATOM<br>         1 H2O      1        H2O      O       O      -0.847600        15.999           0<br>         2 H2O      1        H2O      H       H       0.423800         1.008           0<br>         3 H2O      1        H2O      H       H       0.423800         1.008           0<br>         4 H2O      1        H2O      O       O      -0.847600        15.999           0<br>         5 H2O      1        H2O      H       H       0.423800         1.008           0<br>         6 H2O      1        H2O      H       H       0.423800         1.008           0<br>         7 H2O      1        H2O      O       O      -0.847600        15.999           0<br>         8 H2O      1        H2O      H       H       0.423800         1.008           0<br>         9 H2O      1        H2O      H       H       0.423800         1.008           0</div><div>....<br></div><div><br></div><div>Attached is the directory (send_qmmm) of a working example of the system. The two connectivity files discussed are inside the directory. <br></div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Unmesh Mondal</div><div>I-PhD student, IISER Pune, India<br></div>