Hi Rahul, <div><br></div><div>I would try to have cp2k generate a connectivity file first and then base the qm/mm input on it,</div><div>i.e., passing the connectivity file instead of generating the connectivity on the fly.</div><div><br></div><div>Best</div><div>Marcella</div><div><br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Friday, July 2, 2021 at 9:10:37 AM UTC+2 rah...@gmail.com wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><br>Hello all,<br>       <br><div>I am trying to do a QM/MM molecular dynamics study in which I am using my input structure in xyz format. While running the calculation I encounter an issue that in the trajectory file the atom indices are now being reordered. And because this shuffle in the atom indices, the QM/MM boundary atom index also got changed hence, my capping in not on the correct atoms so the simulation got crashed.</div><div><br></div><div>Below is the input Topology section :</div><div>    &TOPOLOGY<br>      COORD_FILE_FORMAT xyz<br>      COORD_FILE_NAME <a href="http://input.xyz" target="_blank" rel="nofollow" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en&q=http://input.xyz&source=gmail&ust=1625297662093000&usg=AFQjCNHuBCxutesPlYRWQtXmk_wO_BjIaw">input.xyz</a><br>      EXCLUDE_VDW 1-1<br>      DISABLE_EXCLUSION_LISTS TRUE<br>      &GENERATE<br>        CREATE_MOLECULES TRUE<br>      &END GENERATE<br>      &CENTER_COORDINATES<br>      &END CENTER_COORDINATES<br>    &END TOPOLOGY</div><div><br></div><div>Any help would be appreciated.</div><div><br></div><div>Regards</div><div>Rahul<br></div><br></blockquote></div>