<br>Hello all,<br>       <br><div>I am trying to do a QM/MM molecular dynamics study in which I am using my input structure in xyz format. While running the calculation I encounter an issue that in the trajectory file the atom indices are now being reordered. And because this shuffle in the atom indices, the QM/MM boundary atom index also got changed hence, my capping in not on the correct atoms so the simulation got crashed.</div><div><br></div><div>Below is the input Topology section :</div><div>    &TOPOLOGY<br>      COORD_FILE_FORMAT xyz<br>      COORD_FILE_NAME input.xyz<br>      EXCLUDE_VDW 1-1<br>      DISABLE_EXCLUSION_LISTS TRUE<br>      &GENERATE<br>        CREATE_MOLECULES TRUE<br>      &END GENERATE<br>      &CENTER_COORDINATES<br>      &END CENTER_COORDINATES<br>    &END TOPOLOGY</div><div><br></div><div>Any help would be appreciated.</div><div><br></div><div>Regards</div><div>Rahul<br></div><br>