Hi guys, could you please give me advice to improve my current settings for E ads calculation of organic molecule on semiconductive surface. I am afraid that my calculation can be wrong because Eads on graphite (basal plane) of -0.6 eV < Eads on silicon (001) of -0.8 eV, where graphite has higher electric conductivity with smaller band gap. According to my thinking, higher surface polarisability gives better better Eadsorption due to strong VdW interactions (dipole-dipole formation). However, graphite basal plane is smother than Si(001) which is like saw-type surface. <div><br></div><div>Graphite here:</div><div><div>&GLOBAL</div><div>  PROJECT Graphite_optimisation_larger_cell </div><div>  RUN_TYPE GEO_OPT</div><div>  PRINT_LEVEL MEDIUM</div><div>  !EXTENDED_FFT_LENGTHS</div><div>&END GLOBAL</div><div>&FORCE_EVAL</div><div>  METHOD QS</div><div>  &DFT</div><div>    BASIS_SET_FILE_NAME BASIS_MOLOPT</div><div>    POTENTIAL_FILE_NAME GTH_POTENTIALS</div><div>    CHARGE 0</div><div>    MULTIPLICITY 1</div><div>    &MGRID</div><div>      CUTOFF 800</div><div>      NGRIDS 5</div><div>      REL_CUTOFF 70</div><div>    &END MGRID</div><div>    &QS</div><div>      EPS_DEFAULT 1.0E-14</div><div>      !WF_INTERPOLATION ASPC</div><div>    &END QS</div><div>   &SCF</div><div>      SCF_GUESS ATOMIC</div><div>      EPS_SCF 1.0E-6</div><div>      MAX_SCF 300</div><div>      &OT</div><div>       MINIMIZER CG</div><div>       PRECONDITIONER FULL_KINETIC</div><div>       # ENERGY_GAP 0.01</div><div>       &END OT</div><div>      &OUTER_SCF</div><div>       EPS_SCF 1E-6</div><div>       MAX_SCF 300</div><div>      &END </div><div>      !CHOLESKY INVERSE</div><div>      !ADDED_MOS 100</div><div>      !&SMEAR ON</div><div>       ! METHOD FERMI_DIRAC</div><div>       ! ELECTRONIC_TEMPERATURE [K] 1000</div><div>     ! &END SMEAR</div><div>      !&DIAGONALIZATION</div><div>       ! ALGORITHM STANDARD</div><div>      !&END DIAGONALIZATION</div><div>      !&MIXING</div><div>       ! METHOD BROYDEN_MIXING</div><div>        !ALPHA 0.4<span style="white-space:pre">  </span>        </div><div>        !NBROYDEN 8</div><div>      !&END MIXING</div><div>    &END SCF</div><div>    &XC</div><div>      &XC_FUNCTIONAL</div><div><span style="white-space:pre">        </span>&PBE</div><div><span style="white-space:pre">      </span>&END PBE</div><div>      &END XC_FUNCTIONAL</div><div>      &vdW_POTENTIAL</div><div>    <span style="white-space:pre">    </span>DISPERSION_FUNCTIONAL PAIR_POTENTIAL</div><div>    <span style="white-space:pre">    </span> &PAIR_POTENTIAL</div><div>    <span style="white-space:pre">    </span>    PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat</div><div>       <span style="white-space:pre">                </span>TYPE DFTD3</div><div>       <span style="white-space:pre">         </span>REFERENCE_FUNCTIONAL PBE</div><div>       <span style="white-space:pre">           </span>R_CUTOFF 15.0</div><div>    <span style="white-space:pre">   </span>&END PAIR_POTENTIAL</div><div>     &END vdW_POTENTIAL</div><div>    &END XC</div><div>    &POISSON</div><div>      PERIODIC xy</div><div>      POISSON_SOLVER ANALYTIC</div><div>    &END POISSON</div><div>  &END DFT</div><div> &SUBSYS</div><div>     &CELL</div><div>      ABC 14.80620 17.09680 50.0</div><div>      ALPHA_BETA_GAMMA 90.0 90.0 90.0</div><div>      PERIODIC xy</div><div>    &END CELL</div><div>    &COORD</div></div><div><br></div><div><div>    &END COORD   </div><div>    &KIND Au</div><div>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH </div><div>      POTENTIAL GTH-PBE-q11</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND F</div><div>      BASIS_SET TZVP-MOLOPT-GTH </div><div>      POTENTIAL GTH-PBE-q7</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND O</div><div>      BASIS_SET TZVP-MOLOPT-GTH</div><div>      POTENTIAL GTH-PBE-q6</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND C</div><div>      BASIS_SET TZVP-MOLOPT-GTH</div><div>      POTENTIAL GTH-PBE-q4</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND Si</div><div>      BASIS_SET TZVP-MOLOPT-GTH</div><div>      POTENTIAL GTH-PBE-q4</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND S</div><div>      BASIS_SET TZVP-MOLOPT-GTH</div><div>      POTENTIAL GTH-PBE-q6</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND N</div><div>      BASIS_SET TZVP-MOLOPT-GTH</div><div>      POTENTIAL GTH-PBE-q5</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND Na</div><div>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH</div><div>      POTENTIAL GTH-PBE-q9</div><div>    &END KIND</div><div>   &END SUBSYS</div><div>&END FORCE_EVAL</div><div>&MOTION</div><div>  !&CONSTRAINT</div><div>    !&FIXED_ATOMS</div><div>     !COMPONENTS_TO_FIX XYZ</div><div>     !LIST 1..96 </div><div>    !&END FIXED_ATOMS</div><div>  !&END CONSTRAINT</div><div>  !&GEO_OPT</div><div>   ! TYPE MINIMIZATION</div><div>   ! MAX_DR    1.0E-03</div><div>   ! MAX_FORCE 1.0E-03</div><div>   ! RMS_DR    1.0E-03</div><div>   ! RMS_FORCE 1.0E-03</div><div>   ! MAX_ITER 300</div><div>   ! OPTIMIZER CG</div><div>   ! &CG</div><div>   !   MAX_STEEP_STEPS  0</div><div>   !   RESTART_LIMIT 9.0E-01</div><div>   ! &END CG</div><div>  !&END GEO_OPT</div><div>  !&END MOTION</div><div>  &GEO_OPT</div><div>  OPTIMIZER LBFGS</div><div>  MAX_ITER 300</div><div>  &END GEO_OPT</div><div>  &END MOTION</div></div><div>Silicon (001) here:<br></div><div><div>&GLOBAL</div><div>  PROJECT Si100_optimisation_larger_cell </div><div>  RUN_TYPE GEO_OPT</div><div>  PRINT_LEVEL MEDIUM</div><div>  !EXTENDED_FFT_LENGTHS</div><div>&END GLOBAL</div><div>&FORCE_EVAL</div><div>  METHOD QS</div><div>  &DFT</div><div>    BASIS_SET_FILE_NAME BASIS_MOLOPT</div><div>    POTENTIAL_FILE_NAME GTH_POTENTIALS</div><div>    CHARGE 0</div><div>    MULTIPLICITY 1</div><div>    &MGRID</div><div>      CUTOFF 800</div><div>      NGRIDS 5</div><div>      REL_CUTOFF 70</div><div>    &END MGRID</div><div>    &QS</div><div>      EPS_DEFAULT 1.0E-14</div><div>      !WF_INTERPOLATION ASPC</div><div>    &END QS</div><div>   &SCF</div><div>      SCF_GUESS ATOMIC</div><div>      EPS_SCF 1.0E-6</div><div>      MAX_SCF 300</div><div>      &OT</div><div>       MINIMIZER CG</div><div>       PRECONDITIONER FULL_KINETIC</div><div>       # ENERGY_GAP 0.01</div><div>       &END OT</div><div>      &OUTER_SCF</div><div>       EPS_SCF 1E-6</div><div>       MAX_SCF 300</div><div>      &END </div><div>      !CHOLESKY INVERSE</div><div>      !ADDED_MOS 100</div><div>      !&SMEAR ON</div><div>       ! METHOD FERMI_DIRAC</div><div>       ! ELECTRONIC_TEMPERATURE [K] 1000</div><div>     ! &END SMEAR</div><div>      !&DIAGONALIZATION</div><div>       ! ALGORITHM STANDARD</div><div>      !&END DIAGONALIZATION</div><div>      !&MIXING</div><div>       ! METHOD BROYDEN_MIXING</div><div>        !ALPHA 0.4<span style="white-space:pre">   </span>        </div><div>        !NBROYDEN 8</div><div>      !&END MIXING</div><div>    &END SCF</div><div>    &XC</div><div>      &XC_FUNCTIONAL</div><div><span style="white-space:pre">        </span>&PBE</div><div><span style="white-space:pre">      </span>&END PBE</div><div>      &END XC_FUNCTIONAL</div><div>      &vdW_POTENTIAL</div><div>    <span style="white-space:pre">    </span>DISPERSION_FUNCTIONAL PAIR_POTENTIAL</div><div>    <span style="white-space:pre">    </span> &PAIR_POTENTIAL</div><div>    <span style="white-space:pre">    </span>    PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat</div><div>       <span style="white-space:pre">                </span>TYPE DFTD3</div><div>       <span style="white-space:pre">         </span>REFERENCE_FUNCTIONAL PBE</div><div>       <span style="white-space:pre">           </span>R_CUTOFF 15.0</div><div>    <span style="white-space:pre">   </span>&END PAIR_POTENTIAL</div><div>     &END vdW_POTENTIAL</div><div>    &END XC</div><div>    &POISSON</div><div>      PERIODIC xy</div><div>      POISSON_SOLVER ANALYTIC</div><div>    &END POISSON</div><div>  &END DFT</div><div>  &SUBSYS</div><div>    &CELL</div><div>      ABC 21.72116 21.72116 50</div><div>      ALPHA_BETA_GAMMA 90.0 90.0 90.0</div><div>      PERIODIC xy</div><div>    &END CELL</div><div>    &COORD</div></div><div><div>   &END COORD</div><div>    &KIND Au</div><div>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH </div><div>      POTENTIAL GTH-PBE-q11</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND F</div><div>      BASIS_SET TZVP-MOLOPT-GTH </div><div>      POTENTIAL GTH-PBE-q7</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND O</div><div>      BASIS_SET TZVP-MOLOPT-GTH</div><div>      POTENTIAL GTH-PBE-q6</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND C</div><div>      BASIS_SET TZVP-MOLOPT-GTH</div><div>      POTENTIAL GTH-PBE-q4</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND S</div><div>      BASIS_SET TZVP-MOLOPT-GTH</div><div>      POTENTIAL GTH-PBE-q6</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND N</div><div>      BASIS_SET TZVP-MOLOPT-GTH</div><div>      POTENTIAL GTH-PBE-q5</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND Si</div><div>      BASIS_SET TZVP-MOLOPT-GTH</div><div>      POTENTIAL GTH-PBE-q4</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND Na</div><div>      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH</div><div>      POTENTIAL GTH-PBE-q9</div><div>    &END KIND</div><div>   &END SUBSYS</div><div>&END FORCE_EVAL</div><div>&MOTION</div><div>  !&CONSTRAINT</div><div>    !&FIXED_ATOMS</div><div>     !COMPONENTS_TO_FIX XYZ</div><div>     !LIST 1..96 </div><div>    !&END FIXED_ATOMS</div><div>  !&END CONSTRAINT</div><div>  !&GEO_OPT</div><div>    !TYPE MINIMIZATION</div><div>    !MAX_DR    1.0E-03</div><div>    !MAX_FORCE 1.0E-03</div><div>    !RMS_DR    1.0E-03</div><div>    !RMS_FORCE 1.0E-03</div><div>    !MAX_ITER 300</div><div>    !OPTIMIZER CG</div><div>    !&CG</div><div>     ! MAX_STEEP_STEPS  0</div><div>     ! RESTART_LIMIT 9.0E-01</div><div>    !&END CG</div><div>  !&END GEO_OPT</div><div>  !&END MOTION</div><div>  &GEO_OPT</div><div>   OPTIMIZER LBFGS</div><div>   MAX_ITER 300</div><div>  &END GEO_OPT</div><div> &END MOTION</div></div><div><br></div>