<div dir="ltr">Hello, <div><br></div><div>Computing a single molecule MD is not easy, and many things have to be checked. Running a single molecule NVT simulation is difficult due to the thermostat not being well behaved. Also it is important to check the angular momentum of the system is practically zero, because the rotational movement could make "fake signals", also the system linear momentum affect the power spectrum at 0 cm⁻¹. There are keywords to control both. If your power spectra shows a non zero value at cm⁻¹, probably you have one or both problems.</div><div>About the signal at 3700cm⁻¹, the high frequency signals needs a time step of 0.5 fs or at least 1.0 fs, also, if you use a short time step, you need to save the coordinates at each step. Also, if you can print the instantaneous velocities from the MD, you can use them directly and not approximate them by differentiation of coordinates, as done by TRAVIS when only the xyz file is used.</div><div>Remember the power spectra shows signals where their area is proportional to the number of modes at each frequency frame. Also, if your system has more than one methanol molecule, maybe there are H-bonds, which weakens the O-H bonds and "moves" those signals to lower frequencies.</div><div><br></div><div>Regards</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">El dom, 27 jun 2021 a las 18:31, z sh (<<a href="mailto:zsh1...@gmail.com">zsh1...@gmail.com</a>>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><p>Hello everyone,</p>

<p>I am trying to
do vibrational analysis for gas phase system. I am following the tutorial
" Computing Bulk Phase Vibrational Spectra with CP2k and TRAVIS
(2018)". Initially i have done massive equilibration of methanol system
for 6000 steps. After that i have done production run for 60000 steps. Then, I
calculated the power spectrum with xyz. file. Unfortunately, O-H stretching
vibration at 3700 cm-1 is not seen in the power spectrum. Would you please guide me why peak 3700 cm-1
is not seen? </p>

<p> </p>

<p> Here i am
attaching my power spectrum.</p>

<p> Please help me
on this.</p>

<p> Thanks.</p><p><br></p><p><img alt="power.png" width="534px" height="361px" src="cid:9713255c-04a6-4624-bf99-26d60133f3df"><br></p>

<p></p>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/53635676-500b-4caa-8e2b-f4c3a2ee7871n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer" target="_blank">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/53635676-500b-4caa-8e2b-f4c3a2ee7871n%40googlegroups.com</a>.<br>
</blockquote></div>