Dear cp2k users,<div><br></div><div>I am currently studying the binding energy of a hydrogen molecule on a active site in zeolite. Zeolites is modelled as a periodic system. The active site is a metal (Cu).  So I have used diagonalization scheme and fermi dirac smearing.  There are total of 5 element kinds (Si, O, Al, Cu,H) and i got pdos file specifically for each of them. The fermi energy was also printed in the pdos file.  I got something like this for each element.</div><div>+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++</div><div><div># Projected DOS for atomic kind Cu at iteration step i = 238, E(Fermi) =     0.134594 a.u.</div><div>#     MO Eigenvalue [a.u.]      Occupation                 s                 p                 d                 f</div><div>       1         -0.766875        1.000000        0.00040816        0.00019927        0.00040976        0.00005599</div><div>       2         -0.763958        1.000000        0.00001065        0.00106732        0.00035579        0.00024586</div><div>       3         -0.763400        1.000000        0.00039341        0.00081615        0.00058844        0.00014208</div><div>       4         -0.761087        1.000000        0.00051101        0.00026805        0.00069802        0.00005593</div><div>       5         -0.760405        1.000000        0.00000217        0.00067203        0.00037474        0.00014099</div><div>       6         -0.760013        1.000000        0.00020776        0.00043195        0.00020688        0.00008696</div><div>       7         -0.757958        1.000000        0.00015781        0.00109346        0.00043777        0.00053473</div><div>       8         -0.757330        1.000000        0.00002862        0.00006718        0.00012050        0.00002821</div><div>       9         -0.756220        1.000000        0.00018373        0.00016449        0.00013811        0.00005944</div><div>      10         -0.754529        1.000000        0.00075570        0.00054211        0.00150433        0.00010640</div><div>      11         -0.754317        1.000000        0.00026342        0.00027469        0.00036698        0.00004827</div><div>      12         -0.753713        1.000000        0.00046664        0.00102621        0.00045793        0.00035679</div><div>      13         -0.752123        1.000000        0.00062391        0.00049449        0.00075069        0.00023401</div><div>      14         -0.751470        1.000000        0.00000664        0.00025988        0.00018482        0.00020862</div><div>      15         -0.751237        1.000000        0.00000305        0.00025721        0.00032981        0.00009450</div><div>      16         -0.750955        1.000000        0.00008902        0.00172526        0.00128286        0.00043091</div><div>      17         -0.750701        1.000000        0.00006711        0.00017480</div></div><div>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++</div><div>Then i smeared it and plotted Cu and H data in the same plot to understand the orbital contribution to adsorption in terms of bonding and anti bonding states position with respect to fermi level.</div><div><br></div><div>But now i am confused because  there is only 1 active Cu site and 1 gas molecule in the entire periodic lattice of zeolites with 287 atoms and adsorption is happening on the active site.  does plotting pdos make any sense in this case?<br></div><div><br></div><div>or simply plotting HUMO and LUMO makes more sense?</div><div><br></div><div>I will be very thankful to your suggestions and help.</div><div><br></div><div>Thanking you.</div>