Dear community,<br><br>We can define a system for MD simulation using an external .xyz file and parameters of the periodic cell like in this example: <br><br>"&SUBSYS <div>    &CELL </div><div>       ABC [angstrom] 12.42 12.42 12.42 </div><div>    &END CELL </div><div>    &TOPOLOGY </div><div>      COORD_FILE_NAME water.xyz </div><div>      COORD_FILE_FORMAT XYZ </div><div>    &END </div><div>  ...</div><div>  &END SUBSYS"<br><br>I have two questions regarding this approach:<br><br></div><div>1) In this particular case, is it OK if the .xyz file contains coordinates in range from -6.21 to 6.21 A, and not from 0.00 to 12.42 A ?<br>2)  What will happen if I set the cell size smaller than the actual xyz-file that I have? For instance, I tried to launch a calculation with the cell size = 10.0 10.0 10.0 A, while my xyz file contained coordinates in range -11.0 to 11.0 A. CP2K allows me to launch this calculation without any warnings and errors. But what actually happens when the cell size is smaller than the xyz-file? <br><br>Thank you for your help!<br><br>Sincerely, Nikolay.</div>