Coincidentally, it was just merged into pymatgen, so you can get it from the main branch. You can pull it from github ( https://github.com/materialsproject/pymatgen ) and follow installation instructions there are some basic tutorials for other functionality. Once you have pymatgen, you can get the average electrostatic potential around each atom by using the following code snippet. Simply provide (a) the path to the cube file you want to analyze, and (b) the radius of the sphere to use for averaging around the different species. The atom_averages will be returned in atomic units (Ha), but the radii are provided in Angstroms, as internally pymatgen uses eV and Angstroms.<div><br></div><div>from pymatgen.io.cube import Cube</div><div>cube = Cube('path_to_your_hartree_file')</div><div>radii = {'O': 0.871514401, ...}</div><div>atom_averages = cube.get_atomic_site_averages(atomic_site_radii=radii)</div><div><br></div><div>Here are the atomic site radii I personally use. Disclaimer: They are the values that are used internally by VASP for atomic site averaging. My own tests show that they transfer fine to CP2K. Let me know if you have issues.</div><div><br></div><div>-Nick</div><div><br></div><div><b>atomic site radii</b></div><div><span style="font-weight: bold;">Ac</span>: 0.949509702<br></div><div><span style="font-weight: bold;">Ag</span>: 1.089687061<br><span style="font-weight: bold;">Al</span>: 1.29725804<br><span style="font-weight: bold;">Am</span>: 1.0355554<br><span style="font-weight: bold;">Ar</span>: 1.007092989<br><span style="font-weight: bold;">As</span>: 1.028808863<br><span style="font-weight: bold;">At</span>: 1.197141072<br><span style="font-weight: bold;">Au</span>: 1.171867133<br><span style="font-weight: bold;">B</span>: 0.956370674<br><span style="font-weight: bold;">Ba</span>: 1.181016738<br><span style="font-weight: bold;">Be</span>: 1.239553998<br><span style="font-weight: bold;">Bi</span>: 1.358435791<br><span style="font-weight: bold;">Br</span>: 0.985961987<br><span style="font-weight: bold;">C</span>: 0.871514401<br><span style="font-weight: bold;">Ca</span>: 1.078814977<br><span style="font-weight: bold;">Cd</span>: 1.036283951<br><span style="font-weight: bold;">Ce</span>: 0.918807009<br><span style="font-weight: bold;">Cl</span>: 1.172653177<br><span style="font-weight: bold;">Cm</span>: 1.109928571<br><span style="font-weight: bold;">Co</span>: 1.012465916<br><span style="font-weight: bold;">Cr</span>: 1.10367272<br><span style="font-weight: bold;">Cs</span>: 1.095764548<br><span style="font-weight: bold;">Cu</span>: 0.91348204<br><span style="font-weight: bold;">Dy</span>: 0.965340843<br><span style="font-weight: bold;">Er</span>: 0.857571445<br><span style="font-weight: bold;">Eu</span>: 0.944011403<br><span style="font-weight: bold;">F</span>: 0.893437208<br><span style="font-weight: bold;">Fe</span>: 0.978689415<br><span style="font-weight: bold;">Fr</span>: 1.006272353<br><span style="font-weight: bold;">Ga</span>: 1.236680757<br><span style="font-weight: bold;">Gd</span>: 0.954830498<br><span style="font-weight: bold;">Ge</span>: 1.126694961<br><span style="font-weight: bold;">H</span>: 1.106577076<br><span style="font-weight: bold;">H1</span>: 1.106577076<br><span style="font-weight: bold;">He</span>: 0.644015437<br><span style="font-weight: bold;">Hf</span>: 1.208965988<br><span style="font-weight: bold;">Hg</span>: 1.179009031<br><span style="font-weight: bold;">Ho</span>: 0.970128474<br><span style="font-weight: bold;">I</span>: 1.150347999<br><span style="font-weight: bold;">In</span>: 1.437219142<br><span style="font-weight: bold;">Ir</span>: 1.239202246<br><span style="font-weight: bold;">K</span>: 1.069952195<br><span style="font-weight: bold;">Kr</span>: 1.209265531<br><span style="font-weight: bold;">La</span>: 0.916143122<br><span style="font-weight: bold;">Li</span>: 1.215288872<br><span style="font-weight: bold;">Lu</span>: 0.928082257<br><span style="font-weight: bold;">Mg</span>: 1.037846085<br><span style="font-weight: bold;">Mn</span>: 0.989049662<br><span style="font-weight: bold;">Mo</span>: 1.19104237<br><span style="font-weight: bold;">N</span>: 0.883769703<br><span style="font-weight: bold;">Na</span>: 1.397780021<br><span style="font-weight: bold;">Nb</span>: 1.036792122<br><span style="font-weight: bold;">Nd</span>: 0.927736454<br><span style="font-weight: bold;">Ne</span>: 0.911583912<br><span style="font-weight: bold;">Ni</span>: 0.948389642<br><span style="font-weight: bold;">Np</span>: 1.026944224<br><span style="font-weight: bold;">O</span>: 0.899483759<br><span style="font-weight: bold;">Os</span>: 1.158290899<br><span style="font-weight: bold;">P</span>: 1.19512333<br><span style="font-weight: bold;">Pa</span>: 0.955065185<br><span style="font-weight: bold;">Pb</span>: 1.444092849<br><span style="font-weight: bold;">Pd</span>: 1.084788257<br><span style="font-weight: bold;">Pm</span>: 0.933436512<br><span style="font-weight: bold;">Po</span>: 1.195151212<br><span style="font-weight: bold;">Pr</span>: 0.920534844<br><span style="font-weight: bold;">Pt</span>: 1.168113403<br><span style="font-weight: bold;">Pu</span>: 1.036977614<br><span style="font-weight: bold;">Ra</span>: 0.948110246<br><span style="font-weight: bold;">Rb</span>: 1.480382262<br><span style="font-weight: bold;">Re</span>: 1.150128956<br><span style="font-weight: bold;">Rh</span>: 1.143610716<br><span style="font-weight: bold;">Rn</span>: 1.216761009<br><span style="font-weight: bold;">Ru</span>: 1.211902419<br><span style="font-weight: bold;">S</span>: 1.209009282<br><span style="font-weight: bold;">Sb</span>: 1.134558557<br><span style="font-weight: bold;">Sc</span>: 1.273982785<br><span style="font-weight: bold;">Se</span>: 1.046971046<br><span style="font-weight: bold;">Si</span>: 1.233210468<br><span style="font-weight: bold;">Sm</span>: 0.940676508<br><span style="font-weight: bold;">Sn</span>: 1.363174078<br><span style="font-weight: bold;">Sr</span>: 1.155565676<br><span style="font-weight: bold;">Ta</span>: 1.214488968<br><span style="font-weight: bold;">Tb</span>: 0.958209181<br><span style="font-weight: bold;">Tc</span>: 1.128600762<br><span style="font-weight: bold;">Te</span>: 1.152446887<br><span style="font-weight: bold;">Th</span>: 0.956444797<br><span style="font-weight: bold;">Ti</span>: 1.220368396<br><span style="font-weight: bold;">Tl</span>: 1.437513192<br><span style="font-weight: bold;">Tm</span>: 0.917283411<br><span style="font-weight: bold;">U</span>: 0.964605202<br><span style="font-weight: bold;">V</span>: 1.168608341<br><span style="font-weight: bold;">W</span>: 1.145255565<br><span style="font-weight: bold;">Xe</span>: 1.49732734<br><span style="font-weight: bold;">Y</span>: 1.019887789<br><span style="font-weight: bold;">Yb</span>: 0.924662502<br><span style="font-weight: bold;">Zn</span>: 0.922234027<br><span style="font-weight: bold;">Zr</span>: 1.030481454<br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Wednesday, April 28, 2021 at 1:11:37 PM UTC-7 ban...@gmail.com wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><div>Thank you, Nicholas. I am so sorry, but I have never used pymatgen. I would love it if you could share your pymatgen extension with me and give me some guidance/explanation for using it.<br></div><div><br></div><div>Yours sincerely, <br></div><div><br></div><div>Lucas Bandeira<br> </div></div><br><div class="gmail_quote"></div><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Apr 27, 2021 at 3:50 PM Nicholas Winner <<a href data-email-masked rel="nofollow">n...@berkeley.edu</a>> wrote:<br></div></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">I don't believe CP2K can do this natively. What I have done is (1) load the V_HARTREE cube file into memory, (2) to define an atomic site radius based on each species, (3) create a spherical mask around the atomic site based on those radii in the 3D matrix of the cube's data, (4) then you can either integrate to get the total potential around the site, or more commonly you can get the average of the electrostatic potential.<br><br><div>My development branch of pymatgen can do this, which I can share if you are can work with that. Alternatively, it should be in the main pymatgen branch in another week or two.</div><div><br></div><div>-Nick</div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Tuesday, April 27, 2021 at 11:42:43 AM UTC-7 <a href data-email-masked rel="nofollow">ban...@gmail.com</a> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear cp2k community, <br></div><div><br></div><div>I am performing some calculations analyzing adsorption on transition metals, and I need to print the electrostatic potential on each atom in the system. How can I do this?</div><div><br></div><div>Yours faithfully,</div><div><br></div><div>Lucas Bandeira<br></div><br></div>
</blockquote></div>

<p></p></blockquote></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href data-email-masked rel="nofollow">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/8eb6f8ea-d621-4947-b955-6c7848734856n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer" target="_blank" rel="nofollow" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en&q=https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/8eb6f8ea-d621-4947-b955-6c7848734856n%2540googlegroups.com?utm_medium%3Demail%26utm_source%3Dfooter&source=gmail&ust=1619728955576000&usg=AFQjCNG6BI75RMCartQJVgdNH2hqaKBOzw">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/8eb6f8ea-d621-4947-b955-6c7848734856n%40googlegroups.com</a>.<br>
</blockquote></div>
</blockquote></div>