<div dir="ltr"><div>Thank you, Nicholas. I am so sorry, but I have never used pymatgen. I would love it if you could share your pymatgen extension with me and give me some guidance/explanation for using it.<br></div><div><br></div><div>Yours sincerely, <br></div><div><br></div><div>Lucas Bandeira<br> </div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Apr 27, 2021 at 3:50 PM Nicholas Winner <<a href="mailto:nwi...@berkeley.edu">nwi...@berkeley.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">I don't believe CP2K can do this natively. What I have done is (1) load the V_HARTREE cube file into memory, (2) to define an atomic site radius based on each species, (3) create a spherical mask around the atomic site based on those radii in the 3D matrix of the cube's data, (4) then you can either integrate to get the total potential around the site, or more commonly you can get the average of the electrostatic potential.<br><br><div>My development branch of pymatgen can do this, which I can share if you are can work with that. Alternatively, it should be in the main pymatgen branch in another week or two.</div><div><br></div><div>-Nick</div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Tuesday, April 27, 2021 at 11:42:43 AM UTC-7 <a href="mailto:ban...@gmail.com" target="_blank">ban...@gmail.com</a> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear cp2k community, <br></div><div><br></div><div>I am performing some calculations analyzing adsorption on transition metals, and I need to print the electrostatic potential on each atom in the system. How can I do this?</div><div><br></div><div>Yours faithfully,</div><div><br></div><div>Lucas Bandeira<br></div><br></div>
</blockquote></div>

<p></p>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/8eb6f8ea-d621-4947-b955-6c7848734856n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer" target="_blank">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/8eb6f8ea-d621-4947-b955-6c7848734856n%40googlegroups.com</a>.<br>
</blockquote></div>