<div dir="ltr">Hello Julian,<div>     Thanks for your suggestion. I will do geometry optimization immediately. However, I'm a little confused about the last sentence  in your reply, whether I should use the structure gotten by geometry optimization to run massive and global thermostat firstly and than run others processing? I hope i have expressed my question clearly. </div><div>      Tangyu.</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Julian Heske <<a href="mailto:jjh...@gmail.com">jjh...@gmail.com</a>> 于2021年3月26日周五 下午11:03写道：<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Hello,</div><div><br></div><div>in order to run a MD calculation at a specific tempertare, you have to equilibrate the system first to reach your target temperature. The time you need to equilibrate your system is dependent on your initial configuration. Since you are starting with a structure which has a very high potential energy (-157,5 vs. ~ -168 a. u. of the others, see out.txt), this energy remains as kinetic energy in the system and the thermostat will need a long time to remove the energy from the system. You can first do a geometry optimization ( <span><a href="https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT.html" target="_blank">CP2K_INPUT</a> /
               <a href="https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/MOTION.html" target="_blank">MOTION</a> /
               <a href="https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/MOTION/GEO_OPT.html" target="_blank">GEO_OPT</a> )</span>, which leads to an optimized structure. Then start your MD run with your obtained structure as initial configuration. However, you should then still take a look at the temperature and not use the equilibration steps for your analysis.<br></div><div><br></div><div>Kind regards,</div><div>Julian<br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr"><a href="mailto:tang...@gmail.com" target="_blank">tang...@gmail.com</a> schrieb am Freitag, 26. März 2021 um 15:16:33 UTC+1:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Dears cp2k's users,</div><div>      I'm doing a vibration analysis exercise.When I did massive and global thermostat, the temperature I get is different from what I set. Could you tell me what causes this error? I would appreciate you generous help. The input and output file are listed as follow.</div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this topic, visit <a href="https://groups.google.com/d/topic/cp2k/MnB_Ejspnpw/unsubscribe" target="_blank">https://groups.google.com/d/topic/cp2k/MnB_Ejspnpw/unsubscribe</a>.<br>
To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/ac99e428-7df6-4e03-8b6e-cbf7c16009dbn%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer" target="_blank">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/ac99e428-7df6-4e03-8b6e-cbf7c16009dbn%40googlegroups.com</a>.<br>
</blockquote></div>