Dear Tlyer,<div><br></div><div>The metadynamics settings in your input indicate that two distances have to be activated and explored. </div><div>This can lead to bond breaking. How fast and whether the free energy surface is properly explored along this process depend on the other metadynamics settings, that I cannot judge not knowing specifically your problem and your goals.</div><div> However, there are two aspects that you should consider. </div><div>By breaking bonds it is a good idea to run spin polarised calculations, because of the possible formation of radicals. </div><div>Actually, looking at the posted  trajectory,  I would say that one water molecule gets charged and start wandering hectically around.</div><div>Another remark is on the used walls that, for both collective variables, limit the maximum distance to 4 Å. </div><div>This can significantly restrict the allowed space of configurations, unnaturally biasing the dynamics, which then becomes of difficult interpretation. </div><div><br></div><div>Best</div><div>Marcella </div><div><br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Friday, March 26, 2021 at 3:33:06 AM UTC+1 ts...@gmail.com wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><font color="#000000" size="3">Dear users:</font><div><div><font color="#000000" size="3">Here is my input file and ouptput structure. At the begining of the simulation, the AIMD fell reasonable, but As the simulation time increases，The molecular structure has broken down strangely. I don't know if it was an error in my input file. and maybe this is a normal results in metadynamic simuilation. if you have time to give me a advice, i would appreciate it.</font></div><div><font color="#000000" size="3">Best regards</font></div><div><font color="#000000" size="3">Tlyer</font></div></div></blockquote></div>