Ok, I solved the problem.<div><div>If your input file has an unusual atom mapping. For example, a proton in your ligand has atom name HX.</div><div>cp2k could only recognise this mapping from HX to H, if both the topology file and coordinate file are provided.</div><div><br></div><div>So you would need</div><div><br></div><div><div>    &TOPOLOGY</div><div>      CONN_FILE_FORMAT AMBER</div><div>      CONN_FILE_NAME MM.prmtop</div><div>      COORD_FILE_NAME npt.pdb</div><div>      COORD_FILE_FORMAT PDB</div><div>    &END TOPOLOGY</div><div><br></div><div>and this won't work.</div><div><br></div><div><div>    &TOPOLOGY</div><div>      CONN_FILE_FORMAT AMBER</div><div>      CONN_FILE_NAME MM.prmtop</div><div>    &END TOPOLOGY</div></div><div><br></div><div>Given that the amber topology contains this mapping information, I think it would be more useful if the cp2k could read this mapping information when only CONN_FILE is provided.</div><div>In cp2k-8.1/src/topology_util.F, SUBROUTINE check_subsys_element(element_in, atom_name_in, element_out, subsys_section, use_mm_map_first) doesn't seems to do this.</div><div><br></div></div></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Wednesday, 3 March 2021 at 15:45:41 UTC Amami Haruka wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">Sorry, there seems to be a problem with attaching files.<div></div></div></blockquote></div>