Hi Juerg Hutter, <div>Thank you very much for your help. I have already printed index to cell mapping by changing the source code. I used a neighbor_list iterator and printed cell(1:3) and also cell_to_index values.   It looks something like this:</div><div><div>index=          -2           0           0</div><div> block #           6</div><div> -----------</div><div> -----------</div><div> index=          -1           0           0</div><div> block #           2</div><div> -----------</div><div> -----------</div><div> index=           0           0           0</div><div> block #           1</div><div> -----------</div><div> -----------</div><div> index=           1           0           0</div><div> block #           3</div><div> -----------</div><div> -----------</div></div><div> but I am noticing that -L cells are also printed, you can see in the indices file that 100 and -100 both exist. also when I get the Kohn Sham Hamltonian 85 blocks are printed. which is consistent with what I get from the cell to index map. so it seems like L and -L computational cell Hamiltonians are both being printed? even though in the Hamiltonian file they aren't transpose of each other, which I think may be wrong.</div><div>Could you possibly give me some advice?</div><div>Many thanks,</div><div>Elaheh<br></div><br>