<div dir="ltr">Hi, Monu,<div><br></div><div>To explore the free energy surface better, you may need to start at a high temperature, and then annealing down to the room temperature. And for each temperature, you can plot the radial distribution function, for your guest molecule and your MOF atoms, for example, at 800 K, 700 K, ...., 300K. The reason starting at high temperature is that you can use heat to get your guest molecule out of the potentially trapped free energy minima, so you can explore the free energy minima more completely. </div><div><br></div><div>Regards,</div><div><br></div><div>Fangyong</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Jan 12, 2021 at 10:01 PM Fangyong Yan <<a href="mailto:fyya...@gmail.com">fyya...@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi, Monu,<div><br></div><div>You can run a molecular dynamics simulation at room temperature, for several picosecond, and then you can plot the radial distribution function, between your guest molecule and the MOF, by doing this you would have a general picture of the free energy surface of your guest molecule in the MOF. Then based on the free energy minima structures, you can start to optimize your guest-MOF complex structure. (the free energy surface may be different from the potential energy surface, but at least by doing MD simulation and calculating the free energy surface based on radial distribution function, you can have a basic idea about the free energy surface, which should not be quite different from potential energy surface).</div><div><br></div><div>Regards,</div><div><br></div><div>Fangyong</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Jan 12, 2021 at 7:20 PM Monu Joy <<a href="mailto:monuj...@gmail.com" target="_blank">monuj...@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div style="font-family:verdana,helvetica,sans-serif;font-size:13px"><div dir="ltr">Hi there</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">I have a general question: I would like to find out the global minimum of a guest molecule within the pore of a MOF. I know I can place the guest molecule in the pore and get the host-guest structure optimized, but if I would place the guest molecule in another position of the same pore, there also I can get the structure optimized. In this scenario how could I find the exact most probable location of the guest molecule within the MOF pore or its global minimum...?</div><div><br></div><div>Any help would be highly appreciated...</div></div></div><br></div><div style="font-family:verdana,helvetica,sans-serif;font-size:13px" dir="ltr">-Monu</div></div>

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