<div>Dear 
J.T Yang,</div><div><br></div><div>I posted a longer answer here:</div><div>https://mattermodeling.stackexchange.com/questions/4064/cp2k-conserved-quantity-changed-when-restart-nvt-md</div><div><br></div><div>In short: you use the Nose Hoover thermostat because you did not define TYPE CSVR. But because no &NOSE section is defined in the input the restart file does not contain information about the Nose Hoover thermostat. This causes the thermostat to be reinitialized when the MD is continued and the "conserved quantity" is not conserved.<br></div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Fabian<br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Thursday, 31 December 2020 at 02:54:53 UTC+1 jt...@gmail.com wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Update, I tried use block EXT_RESTART:<div>add </div><div><div>&ext_restart</div><div>    restart_file_name job-1.restart</div><div>&end ext_restart</div><div>to first run file head, same problem!</div><div><br></div><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Wednesday, December 30, 2020 at 4:10:24 PM UTC+8 <a href data-email-masked rel="nofollow">jt...@gmail.com</a> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi  Lodeiro,<div><br></div><div>Yes, I'm running the NVT AIMD with CSVR thermostat. I retest the restart by:</div><div>1) run a few steps of MD, </div><div>2) only change the md steps in the job-1.restart file </div><div>3) run it as a new cp2k input.</div><div><br></div><div>At first 20 steps I restart twice, the conserved quantity in job-1.ener didn't change much, so I kept going, thought maybe something wrong in previous results, but now I find it again!</div><div>job-1.ener posted also, I did restart after the 10, 20, and 5020 steps. </div><div><br></div><div><div>Best regards,</div><div>J.T Yang</div></div><div><br></div>job-1.ener:<br><div><div>#     Step Nr.          Time[fs]        Kin.[a.u.]          Temp[K]            Pot.[a.u.]        Cons Qty[a.u.]        UsedTime[s]</div><div>         0            0.000000         1.032460972      1050.000000000     -5252.270968874     -5251.236845323         0.000000000</div><div>         1            2.000000         1.024169045      1041.567212816     -5252.262779703     -5251.236783073       549.103385597</div><div>         2            4.000000         1.000225683      1017.217110463     -5252.238865354     -5251.236649738        75.174283445</div><div>         3            6.000000         0.962585755       978.937770912     -5252.201197068     -5251.236464219        75.276107159</div><div>         4            8.000000         0.914139020       929.668042256     -5252.152678756     -5251.236242883        80.904220160</div><div>         5           10.000000         0.858349805       872.931103351     -5252.096800812     -5251.236013521        81.651709082</div><div>         6           12.000000         0.798817071       812.387051503     -5252.037189382     -5251.236577364       159.194752857</div><div>         7           14.000000         0.738788139       751.338371673     -5251.977118187     -5251.236413665        91.375151295</div><div>         8           16.000000         0.680804621       692.369853226     -5251.919140037     -5251.236308521        74.983826838</div><div>         9           18.000000         0.626572804       637.216768321     -5251.864949209     -5251.236249504        80.199529896</div><div>        10           20.000000         0.577060761       586.863634428     -5251.815498133     -5251.236220285        80.784068426</div><div>        12           24.000000         0.493853772       502.243159679     -5251.732424590     -5251.236740696        32.858954906</div><div>        14           28.000000         0.432695037       440.045484111     -5251.671400687     -5251.236738308        27.433015823</div><div>        16           32.000000         0.393161626       399.840496442     -5251.632027100     -5251.236783473        27.735265017</div><div>        18           36.000000         0.372419740       378.746255003     -5251.611458500     -5251.236857986        27.595964909</div><div>        20           40.000000         0.366530714       372.757188783     -5251.605688750     -5251.236889422        27.560681105</div><div>        22           44.000000         0.374105358       380.460508298     -5251.613310180     -5251.236855805        30.051438093</div><div>        24           48.000000         0.396871757       403.613653710     -5251.636163434     -5251.236866827        30.245694876</div><div>        26           52.000000         0.433394501       440.756831162     -5251.672931132     -5251.237038189        30.459151983</div><div>        28           56.000000         0.473083704       481.120257471     -5251.712966043     -5251.237311773        30.349794149</div><div>        30           60.000000         0.499645958       508.133741041     -5251.739800557     -5251.237514914        24.879560947</div><div>       ...</div><div>      2500         5000.000000         0.977387883       993.991351782     -5251.121072480     -5251.235846203        31.155438900</div><div>      2502         5004.000000         0.968080556       984.525915236     -5251.110987627     -5251.235803922        30.739439011</div><div>      2504         5008.000000         0.967181215       983.611296835     -5251.109342243     -5251.235789834        30.852909803</div><div>      2506         5012.000000         0.975180129       991.746093257     -5251.116656932     -5251.235841020        30.885576010</div><div>      2508         5016.000000         0.988735531      1005.531768656     -5251.129541711     -5251.235914681        31.094295979</div><div>      2510         5020.000000         1.003008497      1020.047198254     -5251.143101180     -5251.235956305        33.428025007</div><div>      2512         5024.000000         1.014004705      1031.230205110     -5251.154416285     -5250.138425674        39.710912943</div><div>      2514         5028.000000         1.023493085      1040.879769453     -5251.164161323     -5250.138356331        31.283514023</div><div>      2516         5032.000000         1.035539764      1053.131093440     -5251.176477561     -5250.138296787        28.679327965</div><div>      2518         5036.000000         1.053082568      1070.971906866     -5251.194412595     -5250.138355038        31.430841208</div><div>      2520         5040.000000         1.072657780      1090.879654295     -5251.214447055     -5250.138473518        31.346939087</div><div>      2522         5044.000000         1.087218443      1105.687668194     -5251.229417942     -5250.138536010        31.335617065</div><div>      2524         5048.000000         1.092733336      1111.296246422     -5251.235274793     -5250.138525122        31.344972849</div><div>      2526         5052.000000         1.089722800      1108.234568200     -5251.232575896     -5250.138481510        31.441764832</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Sunday, December 27, 2020 at 1:17:17 AM UTC+8 Lucas Lodeiro wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello Yang,<div>It seems you are running MD in NVT or NPT ensembles, typically when you restart an AIMD the conserved quantity does not change, but maybe you are restarting the thermostat or the barostat, or maybe you define the energy of them by hand in the input... but without more information is difficult.</div><div><br></div><div>Regards</div><div>Lucas Lodeiro</div></div><br><div class="gmail_quote"></div><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">El sáb, 26 dic 2020 a las 4:24, <a rel="nofollow">jt...@gmail.com</a> (<<a rel="nofollow">jt...@gmail.com</a>>) escribió:<br></div></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi cp2k groups,<div><br></div><div>In *.ener file, I found the conserved quantity changed in AIMD from -5250.647211377 to -5250.077282796 when restart, and before restart, it's value fluctuated around  -5250.647*. Could anyone tell me if it's normal or I did something wrong?</div><div><br></div><div>I made the restart in a way changing the *.restart directly as my new input, does it matter to my conserved quantity change?</div><div><br></div><div><div>Best regards,</div><div>J.T Yang</div></div>

<p></p></blockquote></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a rel="nofollow">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
To view this discussion on the web visit <a href="https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/83e2a690-48ee-4860-a6da-0bb9721d64a1n%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer" rel="nofollow" target="_blank" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en-GB&q=https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/83e2a690-48ee-4860-a6da-0bb9721d64a1n%2540googlegroups.com?utm_medium%3Demail%26utm_source%3Dfooter&source=gmail&ust=1610121064277000&usg=AFQjCNEpvPKdgyP08odYpgZbNgIycO-UkA">https://groups.google.com/d/msgid/cp2k/83e2a690-48ee-4860-a6da-0bb9721d64a1n%40googlegroups.com</a>.<br>
</blockquote></div>
</blockquote></div></blockquote></div></blockquote></div>