<div><br></div><div><br></div>I think that the cell dimensions in your input are wrong, because they do not correspond to an integer number of replica of the Au(111) slab.<div>I also think that your slab cannot be a good model because it has only 2 layers. In may opinion it makes no sense to freeze all slab's atoms.</div><div>Moreover charged systems on metals are not well defined with DFT and periodic boundary conditions, and it is very risky to try this type of calculations if you are not very sure of what you are doing and how to interpret the results. </div><div>Unless you want to model a Au cluster interacting with a molecule, you need periodic boundary conditions. </div><div><br></div><div>Regards</div><div>Marcella</div><div><br></div><div><br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Monday, November 16, 2020 at 2:48:54 AM UTC+1 dre...@gmail.com wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><p>Thank
you for reply!</p>

<p>I
expected organic molecule moves more from it's initial position. Otherwise it's
almost same as I built in avogadro software. My ultimate goal is to perform
some geometry optimization with applied electric field or potential on z axis.
I would like to imitate charge surface and compare some structural orientation
changes to uncharged system. </p>

<p>Could
you please advise me smth in this sense. </p>

<p> </p>

<p>Regarding
my cell dimensions, z is twice larger then x and y. Does it sound right?</p>

<p> </p>

<p>Do you
think while optimization I should keep system non periodic with poison
wavelet  or periodic in xy or xyz with poison analytic?</p>

<p> </p>

<p>Thank
you,</p>

Dmitrii    <br><br><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Sunday, November 15, 2020 at 11:32:43 PM UTC+11 Marcella Iannuzzi wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><br></div><div><br></div>Dear Dmitrii<div><br></div><div>The lateral dimension of a slab cannot be approximately large enough, but it has to be a multiple of the proper 2D lattice constant.<br></div><div>Moreover, 2 layers of a metallic slab are for sure not sufficient to reproduce the right electronic properties. For Au(111) the minimum would be 4 layers.</div><div>This said, which type of motion do you expect? All Au atoms are frozen, and the molecule interact only weakly via dispersion forces. </div><div>Regards</div><div>Marcella</div><div><br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Sunday, November 15, 2020 at 11:00:26 AM UTC+1 <a rel="nofollow">dre...@gmail.com</a> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><p>Good day, I run geometry optimisation of organic molecule on fcc Au(111) slab with CP2K QS. Cutoff of 800 Ry and real_cutoff 70 Ry, smearing on, dispersion correction with DFTD3 PBE, and poison  periodic xyz  with wavelet solver. My cell dimension is 15.00000 15.00000 26.00000, whereas size of Au slab is about 12*12*4 A. I froze all atoms atoms in list, and allowed only organic molecule to be equilibrated with GC optimiser. My system converged and completed optimisation, however my system did not move much. I am concerned that I did smth wrong with setting for convergence or periodicity. Could you please have a look at my files and give me feedback.</p><p> </p><p>Thank you,</p><p>Dmitrii</p></blockquote></div></blockquote></div></blockquote></div>