Hello,<div><br></div><div>I'm looking at the tutorial @ https://www.cp2k.org/howto:biochem_qmmm.</div><div><br></div><div>The author recommends taking the charge from a side chain in the qm region and distributing it across the backbone atoms. "Do the same calculation for the 5 remaining mainchain atoms and check that the modified charges for the six atoms add up to zero".</div><div><br></div><div>1. Should these modified charges add up to zero or should they equal the negative of the charge in the qm region?</div><div><br></div><div>2. If my QM region has an overall charge with contributions from a ligand and ion, should the total charge of the qm region be distributed across backbone atoms and not just the charges from the side chains?  </div><div><br></div><div>3. Or instead to people counterbalance the qm region's charge by creating a net charge on the mm system with ions such that when the qm region is incorporated, the mm system becomes neutralized?  </div><div><br></div><div>4. I suppose if the latter route is taken, you must still neutralize partial charges from side chains in the qm region by distributing a counter charge on backbone atoms?</div><div><br></div><div>Thank you,</div><div><br></div><div>Dan Burns</div>