Thank you! I think I found a slightly better reference, which might interest you and others who may ask this question.<br><br><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Wednesday, November 11, 2020 at 1:21:37 PM UTC-5 Marcella Iannuzzi wrote:<br/></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div><br></div><div><br></div>CP2K, as other codes, can run MD under different conditions, for instance with constraints, restraints, combining different force environments  and so on. <div>The work to extract from the generated trajectories and related properties the free energies is done a posteriori. </div><div>If you read the literature you can find it out yourself. </div><div><br></div><div>To calculate solvation energies you can follow the work of Cheng et al (<a href="https://aip.scitation.org/doi/10.1063/1.3250438" target="_blank" rel="nofollow" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en&q=https://aip.scitation.org/doi/10.1063/1.3250438&source=gmail&ust=1605236962924000&usg=AFQjCNG9o6Z-B5Dv7SxVKseHPusaVIOyvA">https://aip.scitation.org/doi/10.1063/1.3250438</a>)</div><div>and following works. </div><div><br></div><div>I cannot say whether you really need the multiple force environment features. Anyway, running simultaneously different environments it uses combined energies and forces and generates only one dynamics. How energies and forces are combined is defined by the user in the input. </div><div><br></div><div>Regards</div><div>Marcella</div><div><br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto" class="gmail_attr">On Wednesday, November 11, 2020 at 4:33:45 PM UTC+1 Dev Rana wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Thank you Marcella! That is indeed helpful and I will look into further. However, my question was more about how it's implemented in CP2K and how the theory (textbooks) can/should be properly run in CP2K's code. For example, can I just turn the METHOD UI on, set some COLVAR (RMSD solvent atoms), and expect it to give me Gibbs free energy of solvent?<div><br></div><div>If I want to set a coupling parameter (lambda), I can only set this in FORCE_EVAL > MIXED > LINEAR > LAMBDA. I can also do this CDFT, but that's not really what I want. Now if I set LAMBDA in LINEAR to 0.1 or any d(lambda), do I run a new AIMD using that lambda? I don't really understand the use of 2 FORCE_EVAL sections, and how CP2K does these calculations. Are there two sets of output/trajectory files? Or do the two FORCE_EVAL sections correspond to State A and State B within the definition of free energy calculations?</div><div><br></div><div>The two examples on the website are really just an introduction to using collective variables and metadynamics, not really for obtaining free energies. (<a href="https://www.cp2k.org/exercises:2015_cecam_tutorial:mtd1?s[]=free&s[]=energy" rel="nofollow" target="_blank" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en&q=https://www.cp2k.org/exercises:2015_cecam_tutorial:mtd1?s%5B%5D%3Dfree%26s%5B%5D%3Denergy&source=gmail&ust=1605236962925000&usg=AFQjCNGTVQdpqiU5HC_UDcYlitaDbYavJA">https://www.cp2k.org/exercises:2015_cecam_tutorial:mtd1?s[]=free&s[]=energy</a> and <a href="https://www.cp2k.org/howto:biochem_qmmm?s[]=free&s[]=energy" rel="nofollow" target="_blank" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en&q=https://www.cp2k.org/howto:biochem_qmmm?s%5B%5D%3Dfree%26s%5B%5D%3Denergy&source=gmail&ust=1605236962925000&usg=AFQjCNGtYPhZcAyxYYeynVlceLi7VvWt0g">https://www.cp2k.org/howto:biochem_qmmm?s[]=free&s[]=energy</a>)</div><div><br></div><div>Sorry, I don't mean to bombard you with questions, however, I'm trying to learn how to implement the different techniques within CP2K and I'm struggling with it. It's a lot of guess and test and someone who has already done this can speed up my (and others who want to use this) progress. If it's been published or could even provide some technical setup details that could serve as a basis for computational start point. </div><div><br></div><div>Thank you again. I really do appreciate your help! </div></div><div dir="ltr"><div><br><br>On Wednesday, November 11, 2020 at 2:53:44 AM UTC-5, Marcella Iannuzzi wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Yes many<div>an example</div><div><a href="https://link.springer.com/book/10.1007/978-3-540-38448-9" rel="nofollow" target="_blank" data-saferedirecturl="https://www.google.com/url?hl=en&q=https://link.springer.com/book/10.1007/978-3-540-38448-9&source=gmail&ust=1605236962925000&usg=AFQjCNEOV2IZZndwiXpqo_4OUmb6k3EBJA">https://link.springer.com/book/10.1007/978-3-540-38448-9</a></div><div>Marcella</div><div><br><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="auto">On Wednesday, November 11, 2020 at 6:28:08 AM UTC+1 Dev Rana wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I'm trying to use thermodynamic integration or umbrella sampling to obtain solvation and molecule free energies. Unfortunately, there are no good tutorials in CP2K to do this. Are there good external tutorials or publications that can help to navigate this?</div><div><br></div><div>Best Regards,</div><div>Devyesh Rana</div></div></blockquote></div></blockquote></div></div></blockquote></div></blockquote></div>