Hi all,<div>I want to simulate HCOOH + TMA on the water molecule. So firstly I want to minimize my system using the<b> following cp2k input-</b></div><div><br></div><div><div>&GLOBAL</div><div>  RUN_TYPE  GEO_OPT</div><div>  PROJECT_NAME  trial3</div><div>  PRINT_LEVEL  MEDIUM</div><div>&END GLOBAL</div><div>&FORCE_EVAL</div><div>  METHOD  QUICKSTEP</div><div>  &DFT</div><div>    BASIS_SET_FILE_NAME  BASIS_SET.dat</div><div>    POTENTIAL_FILE_NAME  GTH_POTENTIALS.dat</div><div>    &XC</div><div>      &XC_FUNCTIONAL  BLYP</div><div>      &END XC_FUNCTIONAL</div><div>      &VDW_POTENTIAL</div><div>        DISPERSION_FUNCTIONAL  PAIR_POTENTIAL</div><div>        &PAIR_POTENTIAL</div><div>          REFERENCE_FUNCTIONAL  BLYP</div><div>          TYPE  DFTD3(BJ)</div><div>          PARAMETER_FILE_NAME  dftd3.dat</div><div>          LONG_RANGE_CORRECTION  .FALSE.</div><div>          VERBOSE_OUTPUT  TRUE</div><div>        &END PAIR_POTENTIAL</div><div>      &END VDW_POTENTIAL</div><div>    &END XC</div><div>    CHARGE  0</div><div>    MULTIPLICITY  1</div><div>    &QS</div><div>      METHOD  GPW</div><div>    &END QS</div><div>    &SCF</div><div>      SCF_GUESS  ATOMIC</div><div>      MAX_SCF  150</div><div>      EPS_SCF  1.0E-6</div><div>      &DIAGONALIZATION</div><div>        ALGORITHM  STANDARD</div><div>      &END DIAGONALIZATION</div><div>      &PRINT</div><div>        &RESTART  ON</div><div>          &EACH</div><div>            GEO_OPT  100 </div><div>          &END EACH</div><div>        &END RESTART</div><div>      &END PRINT</div><div>    &END SCF</div><div>    &MGRID</div><div>      NGRIDS  4</div><div>      CUTOFF  280</div><div>      REL_CUTOFF  40</div><div>    &END MGRID</div><div>  &END DFT</div><div>  &SUBSYS</div><div>    &TOPOLOGY</div><div>      COORD_FILE_FORMAT  PDB</div><div>      COORD_FILE_NAME  s_input.pdb</div><div>      &CENTER_COORDINATES</div><div>      &END CENTER_COORDINATES</div><div>    &END TOPOLOGY</div><div>    &CELL</div><div>      ABC  35 35 35</div><div>    &END CELL</div><div>    &KIND H2</div><div>      ELEMENT H</div><div>      BASIS_SET  DZV-ALL</div><div>      POTENTIAL  GTH-BLYP</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND O</div><div>      BASIS_SET  DZV-ALL</div><div>      POTENTIAL  GTH-BLYP</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND H1</div><div>      ELEMENT H</div><div>      BASIS_SET  DZV-ALL</div><div>      POTENTIAL  GTH-BLYP</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND C</div><div>      BASIS_SET  DZV-ALL</div><div>      POTENTIAL  GTH-BLYP</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND H</div><div>      BASIS_SET  DZV-ALL</div><div>      POTENTIAL  GTH-BLYP</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND N</div><div>      BASIS_SET  DZV-ALL</div><div>      POTENTIAL  GTH-BLYP</div><div>    &END KIND</div><div>  &END SUBSYS</div><div>&END FORCE_EVAL</div><div>&MOTION</div><div>  &GEO_OPT</div><div>    TYPE  MINIMIZATION</div><div>    OPTIMIZER  CG</div><div>    MAX_DR  3.00E-03</div><div>    MAX_ITER  150</div><div>  &END GEO_OPT</div><div>  &PRINT</div><div>    &RESTART  ON</div><div>      &EACH</div><div>        GEO_OPT  100 </div><div>      &END EACH</div><div>    &END RESTART</div><div>  &END PRINT</div><div>&END MOTION</div></div><div><br></div><div><br></div><div><b>But, I am getting the following error-</b></div><div><div style="">GENERATE|  Preliminary Number of Bonds generated:                           593</div><div style=""><br></div><div style=""> GENERATE| WARNING in connectivity generation!</div><div style=""> GENERATE| Two molecules/residues named (MOL1) have different  number of atoms.</div><div style=""> GENERATE| Molecule starting at position (10) has Nr. <5> of atoms.</div><div style=""> GENERATE| while the other same molecules have Nr. <524> of atoms!</div><div style=""> GENERATE| Increasing bondparm_factor by 1.05.. An error was found in the generated</div><div style=""> GENERATE| connectivity. Retry...</div><div style=""> GENERATE| Present value of BONDPARM_FACTOR (2016.251678 )</div></div><div style=""><br></div><div style=""><br></div><div style=""><br></div><div style=""><b>Please help, I am a novice in cp2k calculation. </b></div><div style=""><b><br></b></div>